Hội đồng xét xử đánh giá hành vi của bị cáo đã gây ảnh hưởng xấu tới trị an xã hội, cáo trạng truy tố bị cáo là hoàn toàn đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Tuy nhiên, bị cáo có nhân thân tốt, quá trình công tác được tặng nhiều giấy khen, bằng khen và có nhiều tác phẩm đoạt giải báo chí. Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Hoài Nam 3 năm 6 tháng tù giam.
Theo nội dung vụ án, năm 2018, bị cáo Nguyễn Hoài Nam là phóng viên Báo Pháp luật Thành phố Hồ Chí Minh đã có tuyến bài về những sai phạm tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, được Ban biên tập duyệt đăng trên Báo Pháp luật Thành phố Hồ Chí Minh. Cụ thể là: bài "Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy nội địa" đăng ngày 1/8; bài “Nghi vấn quỹ đen ở Cục Đường thủy: Buổi chia chác tiền tỉ" đăng ngày 2/8 và bài “Cục trưởng Nguyễn Hồng Giang nói gì về quỹ đen" đăng ngày 3/8. Ngày 8/10/2018, Nguyễn Hoài Nam đã đến Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an làm việc và cung cấp các tài liệu, dữ liệu điện tử và tài liệu khác cho Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an.
Đầu tháng 10/2018, ông Trần Văn Vệ lúc này là Chánh Văn phòng, Phó Thủ trưởng Thường trực Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an được phân công chỉ đạo, điều tra vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam. Ngày 27/6/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an ban hành Bản kết luận điều tra vụ án hình sự số 50/KLĐT(C01-P4) và chuyển toàn bộ hồ sơ vụ án đến Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đề nghị truy tố đối với 3 bị can Phạm Văn Thông, Vũ Mạnh Hùng và Trần Đức Hải theo quy định.
Trong kết luận điều tra có nội dung: Đối với 14 cá nhân đại diện cho 16 nhà thầu, Cơ quan điều tra nhận định, các đối tượng này đều không khai nhận đã đưa tiền cho bị can Phạm Văn Thông. Nhưng căn cứ tài liệu điều tra thu thập được, trong đó có Kết luận giám định của Viện Khoa học hình sự, Bộ Công an, đã kết luận đúng chữ ký của 8/14 cá nhân. Căn cứ tài liệu thu thập được, có cơ sở xác định việc 14 cá nhân này đã đưa tiền cho bị can Phạm Văn Thông, hành vi của họ có dấu hiệu của tội "Đưa hối lộ". Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an, thấy rằng việc họ khai không đưa tiền cho bị can Thông là do tâm lý chung sợ bị pháp luật xử lý: bản thân họ chính là nạn nhân của tệ nạn tham nhũng trong xã hội hiện nay, là đối tượng bị các công chức trong các cơ quan quản lý Nhà nước nhũng nhiễu, gây phiền hà, bản thân họ đều mong muốn có công ăn việc làm cho người lao động. Do vậy, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an không đặt vấn đề xử lý hình sự đối với 14 cá nhân này trong vụ án. Đối với hành vi của ông Hoàng Hồng Giang, Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam không đủ yếu tố cấu thành tội phạm vì quá trình triển khai thực hiện dự án đã ủy quyền cho Trần Đức Hải, cựu Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, đại diện chủ đầu tư trực tiếp chỉ đạo, tổ chức triển khai thực hiện. Đồng thời chưa đủ tài liệu chứng minh ông Hoàng Hồng Giang biết và chỉ đạo thu, nhận tiền của 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu và nhận 5.000 USD do Phạm Văn Thông đưa. Ông Giang có dấu hiệu thiếu trách nhiệm trong quản lý, điều hành tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, để xảy ra tham nhũng, tiêu cực tại đơn vị. Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an, đề nghị Bộ Giao thông Vận tải xử lý nghiêm về Đảng và chính quyền theo quy định.
Chính nội dung trên là nội dung mà bị cáo Nguyễn Hoài Nam không đồng tình. Từ khi Cơ quan điều tra có kết luận điều tra vụ án, tới khi vụ án được đưa ra xét xử và có hiệu lực pháp luật, bị cáo Nam liên tiếp có đơn gửi các cơ quan chức năng, đại biểu Quốc hội và đăng tải trên tài khoản Facebook cá nhân, tố cáo Trung tướng Trần Văn Vệ và một số Điều tra viên thuộc Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an, có hành vi bao che, bỏ lọt tội phạm đối với ông Hoàng Hồng Giang, nguyên Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam và 14 cá nhân đại diện 16 nhà thầu trong vụ án.
Mặc dù các cơ quan có thẩm quyền đã có kết luận, trả lời đơn của Nguyễn Hoài Nam theo đúng quy định, nhưng bị cáo vẫn tiếp tục có đơn thư, đăng tải các bài viết tố cáo ông Trần Văn Vệ và các Điều tra viên thụ lý vụ án với nội dung: “Tướng Vệ cùng thuộc cấp bắt tay nhau bỏ lọt Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa trong vụ án "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam năm 2018"...
Ngày 10/12/2020, Văn phòng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an đã phối hợp với Cục An ninh mạng và phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao làm việc với Nguyễn Hoài Nam. Ngày 22/1/2021, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an có văn bản gửi Thủ trưởng Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố Hồ Chí Minh, về việc chuyển tố giác tội phạm của ông Trần Văn Vệ và Trần Văn Quân đến Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố, thụ lý theo thẩm quyền.
Quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an Thành phố đã trưng cầu giám định các bài viết trên trang mạng xã hội cá nhân của Nguyễn Hoài Nam, được Sở Thông tin và Truyền thông kết luận là các bài viết có nội dung bịa đặt, sai sự thật, xúc phạm uy tín tổ chức, danh dự cá nhân, vi phạm Luật An ninh mạng, Nghị định 72/2013 của Chính phủ.
