Nguyên nhân dẫn đến vụ việc là do sự cẩu thả và tắc trách của cả 3 bị can: Nguyễn Bích Quy (nhân viên giám sát trên xe của Công ty Ngân Hà), Doãn Quý Phiến (lái xe ô tô đưa đón học sinh Trường Tiểu học Gateway) và Nguyễn Thị Thủy (cô giáo chủ nhiệm lớp 1 Tokyo, Trường Tiểu học Gateway).
Viện Kiểm sát nhân dân quận Cầu Giấy khẳng định, chuỗi hành vi cẩu thả và tắc trách của cả 3 bị can đã dẫn đến hậu quả cháu Lê Hoàng L. (lớp 1 Tokyo, Trường Tiểu học Gateway) bị bỏ quên trên xe ô tô và đã tử vong vì suy hô hấp tuần hoàn do sốc nhiệt trong không gian giới hạn.
Bị can Nguyễn Bích Quy cẩu thả trong việc kiểm tra, quản lý học sinh đến lớp; bị can Doãn Quý Phiến do quá tin tưởng, không kiểm tra khoang hành khách xe ô tô nên dẫn đến việc cháu Lê Hoàng L. bị bỏ trên xe ô tô. Bị can Nguyễn Thị Thủy đã không thực hiện trách nhiệm của giáo viên chủ nhiệm, khi điểm danh biết cháu L. vắng mặt không có lý do nhưng Thủy đã không liên lạc với gia đình cháu L. Sự tắc trách này còn thể hiện rõ trong hành vi của bị can Thủy, mặc dù không biết vì sao cháu L. vắng mặt, nhưng khi cập nhật phần mềm của nhà trường vẫn để thông tin là cháu L. vắng mặt có lý do.
Về hành vi cụ thể của bị can Nguyễn Thị Thủy, Viện Kiểm sát nhân dân quận Cầu Giấy nêu rõ: Trong thời gian thực hiện việc giảng dạy và quản lý lớp 1 Tokyo ở Trường Tiểu học Gateway, Nguyễn Thị Thủy là giáo viên chủ nhiệm lớp. Khoảng 7 giờ 50 phút ngày 6/8/2019, Thủy lên lớp điểm danh học sinh, tuy phát hiện cháu Lê Hoàng L. vắng mặt không có lý do nhưng Thủy không ghi sĩ số lên góc bảng (vẫn để sĩ số học sinh của ngày 5/8/2019 là 17/17, vắng: 0) và không cập nhật được kết quả điểm danh vắng cháu L. lên hệ thống phần mềm Sycamore của nhà trường. Sau đó, Thủy dạy môn Tiếng Việt đến 9 giờ 24 phút cùng ngày thì cho học sinh nghỉ giải lao.
Đến khoảng 9 giờ 50 phút cùng ngày, học sinh lớp 1 Tokyo tiếp tục vào lớp để học môn Toán do giáo viên Nguyễn Thị Thúy (sinh năm 1990, trú tại Yên Nghĩa, Hà Đông, Hà Nội) giảng dạy. Lúc này, Thủy có trực tiếp thông báo cho chị Thúy biết lớp vắng học sinh L. Khoảng 9 giờ 55 phút cùng ngày, chị Nguyễn Thị Hà (sinh năm 1993, nhân viên giám thị theo dõi nề nếp của các lớp) đứng tại hành lang quan sát thấy lớp 1 Tokyo đã có giáo viên đang dạy học, trên góc bảng có ghi sĩ số học sinh nên không có ý kiến.
Khoảng 10 giờ cùng ngày, Thủy đi xuống văn phòng nhà trường, tại hành lang, Thủy gặp chị Nguyễn Thị Thu Trang (sinh năm 1996, là nhân viên của bộ phận giáo vụ). Chị Trang có nhắc Thủy về việc chưa cập nhật kết quả điểm danh học sinh lớp 1 Tokyo lên hệ thống phần mềm Sycamore, Thủy nói với chị Trang là đã điểm danh lúc 8 giờ và nhờ Trang hướng dẫn thao tác cập nhật điểm danh trên máy tính. Lúc này, Thủy nói với chị Trang biết lớp vắng 1 học sinh là cháu Lê Hoàng L. và chị Trang đã trực tiếp hướng dẫn Thủy sử dụng chuột máy tính đánh dấu vào từng cột. Trang đánh dấu vào cột học sinh L. vắng mặt có lý do và bảo Thủy kiểm tra lại cho chính xác trước khi cập nhật lên phần mềm Sycamore. Tuy nhiên, Thủy không kiểm tra mà vẫn để thông tin cháu L. vắng mặt có lý do và cập nhật lên phần mềm Sycamore.
Đến 11 giờ 05 phút, Thủy lên căng tin ăn trưa cùng học sinh, điểm danh vẫn biết vắng cháu L. Sau khi ăn xong, Thủy dẫn các cháu học sinh về lớp ngủ. Đến khoảng 15 giờ 45 phút cùng ngày, Thủy quay lại lớp 1 Tokyo để điểm danh và kiểm tra sĩ số trước khi cho học sinh về, vẫn vắng cháu L.
Theo quy định của nhà trường, trong sổ tay giáo viên về quy trình quản lý lớp học thì giáo viên chủ nhiệm phải điểm danh học sinh vào đầu buổi học, ghi sĩ số lên góc bảng và cập nhật kết quả điểm danh lên phần mềm Sycamore của nhà trường, liên hệ với phụ huynh, trao đổi thông tin về học sinh nghỉ học. Nhưng ngày 6/8/2019, Thủy điểm danh biết vắng cháu L. nhưng đã không thực hiện các công việc của giáo viên chủ nhiệm.
Bản cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân quận Cầu Giấy cũng đưa ra nhiều thông tin về những uẩn khúc trong vụ án mà dư luận đã đề cập trước đó. Cáo trạng nêu rõ, sáng 6/8/2019, khi cháu Lê Hoàng L. lên xe ô tô, tại vị trí cháu L. ngồi, trên trần xe có 1 quả bóng bay màu vàng, do cháu Nghiêm Thảo Linh (sinh năm 2008) lấy ở sân trường mang lên xe ô tô từ ngày 5/8/2019.
Sáng 6/8/2019, khi lên xe ô tô do bị can Doãn Quý Phiến điều khiển, cháu L. mặc áo phông màu đỏ, ngắn tay, trên áo có ghi dòng chữ “Gateway”, quần soóc màu xanh tím than. Chiều cùng ngày, khi đưa học sinh ra xe về nhà, Nguyễn Bích Quy mở cửa xe thì phát hiện cháu L. đang nằm dưới sàn phía sau ghế lái, mặc áo phông ngắn tay, màu xám (áo đồng phục của Gateway), quần soóc màu xanh tím than.
Trong quá trình điều tra, cơ quan điều tra đã khám nghiệm hiện trường và xác định: trong xe ô tô có 1 ba lô màu đỏ đen, trong ba lô có 1 chiếc áo ngắn tay, có cổ, màu đỏ, bên trên áo có ghi dòng chữ “Gateway”. Sau này, chiếc áo màu đỏ đó được đem đi giám định và đã kết luận trên áo có bám dính AND của cháu Lê Hoàng L.
