Vườn quốc gia có các cảnh quan núi đá vôi carxtơ với một sông ngầm có thể tiếp cận được khoảng 8,2 km. Sông này chảy ngoằn ngoèo trong động trước khi đổ thẳng ra Biển Đông.
 |
Ở đây có nhiều hang động với các thạch nhũ và măng đá. Đoạn cuối sông chịu ảnh hưởng của thủy triều. Khu vực này cũng là nơi bảo tồn đa dạng sinh học hệ sinh vật núi - biển.
 |
Nó được biết đến như sông ngầm dài nhất thế giới. Tại cửa hang, một đầm phá được bao bọc bởi những cây cổ thụ vẫn đang mọc đến tận mép nước. Các loài khỉ, thằn lằn lớn và sóc tìm có nơi sinh sống thích hợp trên bãi biển gần các hang.
 |
Vườn quốc gia Sông ngầm Puerto Princesa cũng là một trong những khu vực bảo tồn đa dạng sinh học quan trọng nhất của Philippines. Có ít nhất 165 loài chim đã được ghi nhận ở vườn quốc gia trong tổng số 252 loài chim Palawan.
 |
Đặc biệt, trong đó có 15 loài đặc hữu của Palawan. Một số loài chim đáng chú ý là: vẹt xanh-naped (Tanygnathus lucionensis), gà Tabon chà (Megapodius cumunigii), đại bàng bụng trắng (Halitutus leucogates).
 |
Vườn quốc gia cũng là nơi trú ngụ của hơn 30 loài động vật có vú như: heo râu (Sus barbatus), cầy mực (Arctictis binturong), đặc biệt là khỉ đuôi dài (Macaca ifascicularis) - động vật linh trưởng duy nhất được tìm thấy trong khu vực.
 |
Tại đây cũng xác định được 19 loài bò sát, trong số đó 8 loài đặc hữu. Các loài bò sát phổ biến như trăn gấm (Phython reticulatus), kỳ đà hoa (Varanus salvator) và thằn lằn xanh lá cây (Bronchocoela cristatella).
 |
Động vật lưỡng cư bao gồm 10 loài. Đáng chú ý ở đây còn có chúi loài dơi, bò biển (Dugong dugon) và đồi mồi dứa (Chelonia mydas).
 |
Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa của Liên hợp quốc (UNESCO) đã công nhận Vườn Quốc gia Sông ngầm Puerto Princesa là Di sản Thiên nhiên Thế giới năm 1999.
