Vào năm 539 TCN, vị Hoàng đế sáng lập ra Đế quốc Ba Tư - Cyrus Đại Đế tiến hành chinh phạt Đế quốc Tân Babylon, đánh bại Quốc vương Nabonidus và từ đó, Đế quốc Tân Babylon sụp đổ. Tuy nhiên, kinh thành Babylon vẫn đóng vai trò quan trọng đối với những vị vua mới.
Các Hoàng đế của nhà Achaemenes xưng những danh hiệu Hoàng gia Babylon xưa, và còn được gọi là “Đức Vua của Babylon, Đức Vua của các vùng đất”. Không những xưng làm “Đức Vua của Babylon”, Hoàng đế Cyrus Đại Đế vẫn tôn kính những truyền thống văn hóa và tôn giáo của dân tộc Babylon.
Ông cho tiến hành dự án xây dựng những ngôi đền Babylon đã bị quên lãng dưới các đời vua Belshazzar và Nabonidus, đồng thời giải thoát những người nô lệ ở thành Babylon ra khỏi kiếp khổ sai - trong số đó có những người Do Thái.
Những phần còn lại của Babilon hiện nay tại Hillah, Babil Governorate, Iraq, bao gồm các mảnh vỡ của một công trình lớn và gạch vụn. Vị trí của Babylon cổ bao gồm một số gò đất có diện tính khoảng 1–2 km trải dài từ bắc xuống nam, dọc bờ sông Euphrates ở phía tây.
Ban đầu, dòng sông chia cắt thành phố, nhưng dòng chảy của dòng sông đã bị thay đổi, do đó hầu hết phần phía tây của thành phố đã nằm dưới lòng sông. Một số phần của tường thành Babylon nằm ở phía tây dòng sông vẫn còn đến ngày nay.
Trong nhiều năm, Iraq từng nhiều lần trình hồ sơ lên UNESCO để công nhận Babylon là Di sản thế giới, song đều bị từ chối do quản lý yếu kém. Cho tới tận năm nay, thành phố này mới chính thức được UNESCO chọn vào danh sách Di sản thế giới.
Sau gần ba thập kỷ vận động hành lang của Iraq, thành phố cổ Babylon thuộc nền văn minh Lưỡng Hà đã chính thức được Tổ chức Giáo dục, khoa học và Văn hóa của Liên hợp quốc (UNESCO) công nhận Di sản Thế giới năm 2019.