Theo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính, Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP đã thực hiện không đúng, không đầy đủ một trong các nội dung quyết định phê duyệt kết quả thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường thuộc thẩm quyền phê duyệt của Bộ Tài nguyên và Môi trường theo quy định (chưa có 6 hồ lắng, mương thoát nước trước khi thải ra các suối xung quanh tại khu vực bãi lưu trữ đất đảo dư thừa (diện tích 722 ha).
Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP thực hiện tưới, phun nước không thường xuyên, liên tục, không đầy đủ các vị trí theo nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường được phê duyệt dẫn tới việc gia tăng bụi phát tán ra môi trường xung quanh). Với hành vi này, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định xử phạt hành chính 90 triệu đồng đối với Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP.
Ngoài ra, Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP đã có hành vi gây ô nhiễm không khí vượt quy chuẩn kỹ thuật về môi trường không khí xung quanh đối với trường hợp hàm lượng thông số bụi trong không khí vượt quy chuẩn kỹ thuật từ 5 đến dưới 10 lần (đối với thông số môi trường thông thường). Theo đó Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP bị áp dụng hình thức xử phạt hành chính 180 triệu đồng.
Chánh Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường Lê Vũ Tuấn Anh đánh giá, Dự án xây dựng sân bay Long Thành là công trình trọng điểm Quốc gia được Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư. Hiện nay, Dự án đang được Chính phủ yêu cầu đẩy nhanh tiến độ để gấp rút hoàn thành; hơn nữa nếu đình chỉ hoạt động cũng không làm giảm được ô nhiễm bụi, mà còn có nguy cơ gia tăng từ khu vực mặt bằng đã được xác lập trên diện tích 2.500 ha.
Do đó, Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường không áp dụng biện pháp đình chỉ hoạt động cơ sở mà buộc Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm bụi do ảnh hưởng từ hoạt động thi công của dự án như sau: áp dụng giải pháp chống bụi bằng phun Polime; tăng cường công tác tưới nước dập bụi, đặc biệt là các giờ cao điểm khô, nắng nóng, gió, dễ xảy ra lốc, cho tất cả các khu vực san lấp đã được bóc tầng phủ; giảm cường độ thi công của nhà thầu vào các giờ cao điểm khô bụi mạnh trong ngày như: 10 giờ đến 12 giờ, 13 giờ đến 16 giờ; bổ sung giải pháp thi công san lấp theo hình thức cuốn chiếu, thực hiện lu lèn chặt đất ngay khi san lấp đạt cao độ.
Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP cũng bị buộc thực hiện trồng cỏ ngay sau khi hoàn thiện thi công xong công tác đắp tại bãi trữ đất 722ha; hoàn thiện các hồ điều hòa để chứa nước, chủ động được nguồn nước để dập bụi; tổ chức tập huấn tuyên truyền cho cán bộ, công nhân, lái xe, lái máy chấp hành các quy định về đảm bảo vệ sinh môi trường theo báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt. Các xe vận chuyển đất phải chạy đúng tuyến đường quy định đã được tưới nước, tốc độ lưu thông xe không được vượt quá tốc độ quy định trong công trường; thực hiện các giải pháp theo yêu cầu của Thông báo kết quả kiểm tra của Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường yêu cầu Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP báo cáo phương án giảm thiểu ô nhiễm bụi với Bộ Tài nguyên và Môi trường (thông qua Vụ Môi trường) và Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng Nai trước ngày 30/4/2023.
Việc áp dụng các biện pháp giảm thiểu ô nhiễm bụi phải được duy trì cho đến khi mặt bằng thi công được bàn giao cho các nhà thầu xây dựng. Đồng thời, Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP định kỳ ngày 30 hằng tháng phải báo cáo kết quả thực hiện các giải pháp giảm thiểu bụi về Bộ Tài nguyên và Môi trường (thông qua Vụ Môi trường) và Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Đồng Nai. Chi phí tổ chức thi hành biện pháp khắc phục hậu quả do Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP chi trả.