Năm 2012, UBND tỉnh Quảng Ninh có thông báo giao Ban Quản lý các di tích trọng điểm Quảng Ninh chủ trì lập hồ sơ khoa học trình UNESCO ghi danh quần thể di tích và danh thắng Yên Tử là di sản thế giới. Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch tổ chức các cuộc hội thảo với sự tham gia của nhiều nhà khoa học uy tín để thảo luận vấn đề này. Năm 2014, website của Trung tâm Di sản thế giới chính thức đăng tải hồ sơ Yên Tử vào danh mục dự kiến xây dựng hồ sơ di sản thế giới.
Từ năm 2015, tỉnh Quảng Ninh giao Công ty CP Phát triển Tùng Lâm tổ chức các cuộc khảo sát thực địa với sự tham gia của nhiều chuyên gia, nhà khoa học. Chuyên gia của ICOMOS và Việt Nam thực hiện khảo sát các địa điểm thuộc khu di sản trên địa bàn ba tỉnh: Quảng Ninh, Bắc Giang, Hải Dương.
Sở Văn hóa - Thể thao tỉnh Quảng Ninh xây dựng báo cáo tóm tắt và kế hoạch tổng thể lập hồ sơ đề cử quần thể di tích nhà Trần và Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử tại Quảng Ninh, Bắc Giang, Hải Dương. Đây cũng là đơn vị kết nối với Bộ VHTTDL và các đơn vị liên quan trong quá trình làm hồ sơ. Dự kiến đến cuối tháng 9/2020, tỉnh Quảng Ninh hoàn thiện hồ sơ tóm tắt, hết năm 2020 hoàn thiện hồ sơ chính để trình UNESCO.
Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử bao gồm khu di tích Yên Tử (Quảng Ninh) với khu bảo tồn thiên nhiên Tây Yên Tử (tỉnh Bắc Giang) và khu di tích lịch sử - văn hóa Côn Sơn - Kiếp Bạc (tỉnh Hải Dương) hình thành nên không gian tôn giáo, văn hóa đặc trưng không chia cắt của địa giới hành chính nên cần sự phối hợp để bảo đảm sự vẹn toàn, quy mô của di sản. Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử đang được kỳ vọng có thể là di sản thế giới liên tỉnh đầu tiên ở Việt Nam.
Khu di tích lịch sử và danh thắng Yên Tử nay phần lớn nằm trên địa phận phường Phương Đông và xã Thượng Yên Công (TP Uông Bí) và một phần thuộc xã Hồng Thái Đông (huyện Đông Triều). Khu di tích bao gồm các công trình kiến trúc tôn giáo như chùa, am, tháp được xây dựng theo tuyến trải dài từ Bí Thượng (chân Dốc Đỏ) đến đỉnh núi Yên Tử, vùng phụ cận quanh chân núi từ thời Trần đến nay và cảnh quan thiên nhiên, thảm thực vật, các loài động vật trên núi rừng Yên Tử.
Yên Tử là một địa điểm có sự kết hợp hài hoà giữa cảnh quan thiên nhiên với các công trình kiến trúc, nghệ thuật có giá trị đặc biệt của quốc gia, bao gồm: Chùa Bí Thượng, chùa Suối Tắm, chùa Cầm Thực, chùa Lân, chùa Giải Oan, vườn tháp Hòn Ngọc, khu tháp Tổ, chùa Hoa Yên, chùa Một Mái, chùa Bảo Sái, chùa Vân Tiêu, chùa Đồng. Đây cũng mang giá trị lịch sử to lớn, vì là nơi hình thành, ra đời và phát triển của Trung tâm Phật giáo Thiền Tông thuần Việt do Phật hoàng Trần Nhân Tông sáng lập.
