Cụ thể, bị cáo Nguyễn Đức Chung bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo quy định tại Điều 356, khoản 1 - Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, năm 2016, UBND thành phố Hà Nội có kế hoạch triển khai công tác trồng mới, thay thế, bổ sung cây xanh trên địa bàn thành phố Hà Nội.
Trong quá trình thực hiện, một số cá nhân thuộc UBND thành phố Hà Nội và các đơn vị có liên quan đã có nhiều hành vi sai phạm, không thực hiện phương thức đấu thầu theo quy định của pháp luật mà theo phương thức đặt hàng cho trồng cây trước, sau đó hợp thức thủ tục đặt hàng, dự toán, quyết toán sau; mua bán cây không rõ nguồn hợp pháp, tạo lập hồ sơ khống để hợp thức, nâng giá cây, gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản Nhà nước.
Bị cáo Nguyễn Đức Chung đã vì động cơ cá nhân làm trái quy định pháp luật về đấu thầu để giúp cho Công ty Sinh Thái Xanh, Công ty Công viên cây xanh Hà Nội tham gia dự án trồng cây tại Hà Nội. Những công ty này có mối quan hệ thân thiết với bị cáo Nguyễn Đức Chung. Từ sự hậu thuẫn của Nguyễn Đức Chung, các công ty này đã hưởng lợi bất chính số tiền đặc biệt lớn. Viện Kiểm sát xác định, hành vi của Nguyễn Đức Chung xâm phạm vào hoạt động đúng đắn của cơ quan nhà nước, gây ảnh hưởng xấu đến dư luận trong các cơ quan, ban, ngành của Hà Nội, của nhân dân.
Cáo trạng nêu rõ, việc trồng mới, thay thế, bổ sung cây xanh ở Hà Nội được thực hiện từ năm 2016 - 2019. Mặc dù đã có một Phó Chủ tịch UBND thành phố phụ trách lĩnh vực này, tuy nhiên, bị cáo Chung vẫn trực tiếp can thiệp, chỉ đạo.
Từ năm 2016, Nguyễn Đức Chung yêu cầu tạm dừng việc đấu thầu tại các quận, huyện và thu gọn đầu mối về Sở Xây dựng để thực hiện. Từ chỉ đạo của Nguyễn Đức Chung, Ban Duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị thuộc Sở Xây dựng không tổ chức đấu thầu, mà ký hợp đồng đặt hàng trực tiếp với Công ty Công viên cây xanh Hà Nội và Công ty Sinh Thái Xanh.
Kết quả điều tra xác định Ban Duy tu các công trình hạ tầng kỹ thuật đô thị đã đặt hàng Công ty Công viên cây xanh Hà Nội 10 hợp đồng trị giá hơn 241 tỷ đồng; Công ty Sinh Thái Xanh 6 hợp đồng, trị giá trên 43 tỷ đồng. Quá trình thực hiện hợp đồng, việc nâng khống giá cây xanh đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 34 tỷ đồng.
