Sau khi nắm bắt được thông tin, Bộ đã yêu cầu Sở GD&ĐT Hà Giang phải khẩn trương, nghiêm túc rà soát lại các quy trình trong tổ chức thi, chấm thi sau đó báo cáo về bộ. Trên cơ sở kết quả rà soát của Hà Giang, còn vấn đề gì chưa rõ, căn cứ vào thẩm quyền của mình Bộ sẽ xử lý các bước tiếp theo trên quan điểm làm rõ những băn khoăn của dư luận.
Cũng theo ông Bằng, kỳ thi THPT Quốc gia có ban chỉ đạo thi cấp quốc gia và địa phương do đó khi có sự việc xảy ra, trước hết địa phương đó phải rà soát và xử lý.
Xác định tính chất nghiêm trọng của sự việc, ngay trong ngày 12/7, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Nguyễn Hữu Độ đã ký văn bản gửi Ban chỉ đạo thi THPT quốc gia tỉnhHà Giang rà soát lại tất cả các quy trình, báo cáo về bộ trước ngày 17/7.
Liên quan đến vụ việc, trên các diễn đàn của giáo viên dạy Toán, đa số giáo viên THPT cho rằng, một học sinh chuyên Văn mà đạt điểm gần tuyệt đối ở môn Toán là điều rất khó. Bởi đề thi năm nay khó, có sự phân hóa cao, đặc biệt đề Toán 10 câu cuối cần có sự tính toán, tư duy mới làm được. Có giáo viên cho biết, mình làm đề Toán hết đúng 90 phút mà chỉ được 45 câu, 9 điểm, có nhiều giáo viên khác chỉ đạt 8 -8,5 điểm trong chừng đó thời gian.
Một giáo viên cho rằng, giới giáo viên đặt ra câu hỏi giành cho Bộ GD&ĐT cần phải có phương thức, kỹ thuật nào đó để kiểm tra, giám sát lại có hay không sự không minh bạch trong kỳ thi THPT quốc gia và trả lời thỏa đáng cho dư luận? Vì điều này đã gây dư luận, tạo sự bức xúc cho cả người dạy và người học.
Cô Phan Hà Thanh, giáo viên dạy Ngữ văn, Trường THPT Lê Qúy Đôn (Hà Nội) cũng cho rằng, có sự bất thường trong cách chấm thi giữa các địa phương. Trước kỳ thi, người ta chỉ nghi ngờ về việc chấm lỏng, chấm chặt nhưng kết quả kỳ thi đã thể hiện rõ điều đó.
Hà Nội có gần 80.000 thí sinh dự thi, nơi hội tụ rất nhiều học sinh trường chuyên nhưng điểm thi môn Ngữ văn cao nhất của Hà Nội chỉ đạt đến 9,5 và dừng lại ở con số khiêm tốn là 1 bài. Trong khi đó, Nghệ An có 31.500 thí sinh dự thi, có tới 1.800 bài thi từ điểm 8 trở lên, trong đó có 3 bài thi 9,75 và vô só bài thi 9,5 điểm. Hay như kết quả thi môn Toán, Hà Nội chỉ xếp thứ 9 sau các địa phương.
