Theo đó, Kiểm toán Nhà nước sẽ tập trung kiểm toán việc cơ cấu lại ngân sách nhà nước theo chủ trương Nghị quyết số 07-NQ/TW ngày 18/11/2016 của Bộ Chính trị về chủ trương, giải pháp cơ cấu lại NSNN, quản lý nợ công để bảo đảm nền tài chính quốc gia an toàn, bền vững; tình hình triển khai thực hiện các giải pháp điều hành nhiệm vụ tài chính, ngân sách năm 2018; các kế hoạch phát triển kinh tế, xã hội, tài chính, ngân sách giai đoạn 2016-2020.
Trong đó, các dự án trọng điểm ngành giao thông vận tải; các dự án đầu tư theo hình thức đối tác công tư (BOT, BT) nằm trong kế hoạch là: Dự án: Đường ô tô Tân Vũ - Lạch Huyện (phần nút giao Tân Vũ); Đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Xây dựng đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai (giai đoạn I); Đầu tư xây dựng cầu Thủ Thiêm 2; Cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A đoạn An Sương - An Lạc; Mở rộng Xa lộ Hà Nội giai đoạn 2; Xây dựng Đường Tân Sơn Nhất - Bình Lợi - Vành đai ngoài;...
Các dự án xây dựng và phát triển hệ thống cảng hàng không dự kiến kiểm toán là: Dự án đầu tư xây dựng Cảng cửa ngõ quốc tế Hải Phòng (Hợp phần A) Giai đoạn khởi động; ĐTXD công trình Cảng hành khách quốc tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang; ĐTXD Cảng hàng không Quảng Ninh...
Các dự án thủy điện, nhiệt điện có quy mô lớn dự kiến kiểm toán là Nhà máy thủy điện Sông Bung 2; Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 1, Nhà máy thủy điện Bản Chát, Nhà máy thủy điện Trung Sơn.
Ngoài ra còn có các dự án xử lý nước thải, vệ sinh môi trường, chủ động phòng chống thiên tai, ứng phó với biến đổi khí hậu.
Bên cạnh đó, Kiểm toán Nhà nước có kế hoạch kiểm toán việc quản lý và sử dụng nợ công, trong đó tập trung đánh giá việc hoàn thiện thể chế, đặc biệt là các chính sách, công cụ, bộ máy quản lý nợ công đảm bảo để kiểm soát rủi ro và hiệu quả; việc điều chỉnh phạm vi nợ công, cơ cấu nợ công phù hợp với thông lệ, chuẩn mực quốc tế; việc sử dụng vốn vay đúng mục đích, bảo đảm trả nợ đầy đủ, đúng hạn, đặc biệt đối với các khoản vay về cho vay lại, nợ Chính phủ bảo lãnh…
Trong lĩnh vực doanh nghiệp, Kiểm toán Nhà nước lựa chọn các tập đoàn, tổng công ty nhà nước có quy mô lớn như Tập đoàn công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam; Tổng công ty Hàng không Việt Nam,... để kiểm toán báo cáo tài chính, các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn, tài sản nhà nuớc năm 2018 kết hợp với việc đánh giá công tác cơ cấu doanh nghiệp nhà nước.
Ngoài ra, năm 2019, Kiểm toán Nhà nước dự kiến lựa chọn kiểm toán một số chuyên đề có quy mô lớn, phạm vi rộng để tổ chức kiểm toán nhằm đánh giá toàn diện, xuyên suốt công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công đối với chuyên đề, chủ đề được lựa chọn.
Nổi bật là Kiểm toán chuyên đề “Thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với các bệnh viện công lập” và chuyên đề “Thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với các trường đại học công lập”.
Kiểm toán chuyên đề “Quản lý thu thuế xuất nhập khẩu” để đánh giá tính tuân thủ trong thực hiện các quy định về quản lý, kê khai, nộp thuế đối với các hoạt động xuất, nhập khẩu...
Kiểm toán chuyên đề “Việc thực hiện các dự án đầu tư theo hình thức BT "đổi đất lấy hạ tầng” để đánh giá việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước về đầu tư theo hình thức hợp đồng Xây dựng - Chuyển giao (hợp đồng BT) quy định tại Nghị định số 15/2015/NĐ-CP ngày 14/02/2015 của Chính phủ.
Qua đó, Kiểm toán Nhà nước đánh giá sự cần thiết và lợi thế của việc thực hiện dự án theo hình thức BT so với các loại hình đầu tư khác; đánh giá việc tuân thủ các quy định của Luật đất đai về sử dụng quỹ đất để tạo nguồn vốn thanh toán cho nhà đầu tư thực hiện hợp đồng BT, việc chấp hành các quy định về ưu đãi, hỗ trợ đầu tư cho dự án...
