Vụ án này có số lượng luật sư bào chữa kỷ lục trong số các phiên tòa tại Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội với gần 120 luật sư tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo. Trong đó, bị cáo Vũ Hồng Quang (cựu Phó Trưởng phòng Vận tải Hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải) có nhiều luật sư bào chữa nhất (6 luật sư).
Hội đồng xét xử cũng đã triệu tập khoảng 60 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan và 40 người làm chứng đến phiên tòa.
Tuy nhiên, tại phiên tòa sáng 11/7, nhiều người liên quan và người làm chứng vắng mặt. Hội đồng xét xử tuyên bố, nếu xét thấy cần thiết sẽ tiếp tục triệu tập những người này đến phiên tòa.
Trong số 54 bị cáo, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố: 21 bị cáo về tội "Nhận hối lộ" theo quy định tại điều 354 - Bộ luật Hình sự; 23 bị cáo về tội "Đưa hối lộ" theo quy định tại Điều 364 - Bộ luật Hình sự; 4 bị cáo về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" theo quy định tại Điều 356 - Bộ luật Hình sự; 4 bị cáo về tội "Môi giới hối lộ" theo quy định tại Điều 365 - Bộ luật Hình sự. Một bị cáo bị truy tố về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" theo quy định tại Điều 174 - Bộ luật Hình sự. Một bị cáo bị truy tố về cả hai tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và "Đưa hối lộ". 10 bị cáo được tại ngoại, 44 bị cáo còn lại bị tạm giam.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao công bố tại phiên tòa, tháng 1/2020, dịch COVID-19 bùng phát ở Trung Quốc và diễn biến phức tạp. Trước tình hình trên, tháng 3/2020, Chính phủ đã tổ chức 1 chuyến bay giải cứu đưa 30 công dân Việt Nam từ Vũ Hán (Trung Quốc) về nước. Đến tháng 4/2020, Chính phủ tổ chức một số chuyến bay giải cứu chỉ thu phí vé máy bay và cách ly tại cơ sở quân đội (gọi chung là "Chuyến bay giải cứu").
Tháng 11/2020, do nhu cầu của công dân về nước rất lớn, trong khi việc cách ly và chi phí gặp khó khăn, Chính phủ đã tổ chức thí điểm 10 chuyến bay công dân tự nguyện trả phí toàn bộ (chuyến bay combo) và giao Tổ công tác của 4 Bộ, ngành (Y tế, Giao thông Vận tải, Quốc phòng, Ngoại giao), sau đó, bổ sung thêm Bộ Công an cùng phối hợp tổ chức các chuyến bay.
Theo các chỉ đạo của Chính phủ thì nhiệm vụ của các bộ, ngành trong việc tổ chức thực hiện các chuyến bay combo như sau: Văn phòng Chính phủ có nhiệm vụ tập hợp tham mưu, đề xuất lãnh đạo Chính phủ phê duyệt kế hoạch tổ chức các chuyến bay theo đề xuất của Bộ Ngoại giao.
Bộ Ngoại giao (thông qua Cục Lãnh sự) có nhiệm vụ xây dựng, đề xuất kế hoạch tổ chức các chuyến bay combo; chủ trì và xin ý kiến, trao đổi thống nhất với các Bộ trong Tổ công tác và báo cáo, trình lãnh đạo Chính phủ phê duyệt, quyết định và thông báo việc thực hiện chuyến bay. Bốn Bộ còn lại gồm: Y tế, Giao thông Vận tải, Quốc phòng, Công an theo chức năng, nhiệm vụ về công tác phòng chống dịch cho ý kiến việc phê duyệt gửi Bộ Ngoại giao, UBND một số tỉnh, thành phố được giao nhiệm vụ cho chủ trương cách ly tại địa phương.
Quy trình cấp phép các chuyến bay combo được thực hiện như sau: Doanh nghiệp có nhu cầu xin được chủ trương cách ly tại địa phương và gửi hồ sơ đến Bộ Ngoại giao (Cục Lãnh sự). Trên cơ sở hồ sơ này, Cục Lãnh sự lấy ý kiến Tổ công tác của các Bộ, ngành và trình Chính phủ duyệt, sau đó thông báo cho doanh nghiệp được tổ chức thực hiện chuyến bay.
Thực hiện chủ trương trên, trong quá trình cấp phép các chuyến bay, phê duyệt cách ly tại địa phương và giải quyết vụ án, từ tháng 9/2020 đến tháng 12/2022, một số cá nhân thuộc các bộ, ngành được giao nhiệm vụ cấp phép chuyến bay, cách ly ở địa phương và một số cá nhân đại diện doanh nghiệp, cùng một số đối tượng khác đã thực hiện hành vi vi phạm pháp luật.
Viện Kiểm sát xác định, trong vụ án này có 25 bị cáo đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, nhiệm vụ được giao để nhận hối lộ tổng cộng gần 165 tỷ đồng và lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, gây thiệt hại hơn 10 tỷ đồng. 23 cá nhân là đại diện các doanh nghiệp đã đưa hối lộ hơn 226 tỷ đồng, 4 cá nhân môi giới hối lộ hơn 74 tỷ đồng và lừa đảo chiếm đoạt số tiền gần 25 tỷ đồng.
