Sau khi tiến hành điều tra bổ sung, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã ra cáo trạng truy tố 51 bị can trong vụ án này về các tội “Tham ô tài sản” theo quy định tại Điều 278, “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng” theo quy định tại Điều 179, “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản” theo quy định tại Điều 280 và tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 165 - Bộ luật Hình sự.
Trong số 51 bị can này, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã truy tố bổ sung thêm bốn bị can gồm Phạm Công Danh (nguyên Chủ tịch Ngân hàng Thương mại cổ phần Xây dựng Việt Nam), Hứa Thị Phấn (đại diện nhóm cổ đông tại Ngân hàng Đại Tín), Trần Văn Bình (Tổng Giám đốc Công ty Trung Dung) và Hoàng Thị Hồng Tứ (nguyên Chủ tịch Công ty BSC, công ty sân sau của Hà Văn Thắm).
Trong số trên, Hoàng Thị Hồng Tứ bị truy tố tội “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản” với vai trò đồng phạm của Hà Văn Thắm (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Oceanbank) và Nguyễn Xuân Sơn (nguyên Chủ tịch Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN). Ba bị can còn lại bị truy tố tội “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của các tổ chức tín dụng.”
Đáng chú ý, trong bản cáo trạng lần này, cơ quan tố tụng đã chuyển tội danh của các bị can liên quan đến hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” sang tội “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản.” Đồng thời cơ quan tố tụng cũng truy tố bổ sung Hà Văn Thắm, Nguyễn Xuân Sơn về tội “Tham ô tài sản” với khoản tiền các bị can tham ô là hơn 49 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, trong quá trình làm Chủ tịch Hội đồng Quản trị Oceanbank, Hà Văn Thắm cùng các đồng phạm là cấp dưới tại ngân hàng có nhiều vi phạm trong hoạt động tín dụng gây thiệt hại cho ngân hàng và ảnh hưởng nghiêm trọng đến chính sách tiền tệ của Nhà nước. Các hành vi vi phạm pháp luật của Hà Văn Thắm và đồng phạm đã gây thiệt hại cho ngân hàng gần 2.000 tỷ đồng. Trong vụ án này, cơ quan tố tụng xác định, Hà Văn Thắm là chủ mưu, cầm đầu.
Ngoài Hà Văn Thắm bị truy tố, hàng chục bị can còn lại chủ yếu là lãnh đạo tại hội sở ngân hàng và lãnh đạo các chi nhánh, phòng giao dịch của Oceanbank trên toàn hệ thống, lãnh đạo Công ty BSC bị cũng phải chịu trách nhiệm hình sự từ việc làm sai trái của Hà Văn Thắm.
Cùng bị truy tố trong vụ án còn có bị can Nguyễn Xuân Sơn (nguyên Tổng Giám đốc Oceanbank, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên PVN - là đại diện góp vốn của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam tại Ngân hàng). Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao xác định bị can Sơn đã có hành vi lợi dụng chức vụ được giao, ban hành, tổ chức và chỉ đạo các hoạt động trái pháp luật chiếm đoạt số tiền hơn 246 tỷ đồng.