Đền Borobudur được xây dựng vương triều Sailendra - một vương triều sùng đạo Phật theo mô hình Mạn đà la (Madala), tức là một mô hình về vũ trụ hoàn hảo theo quan niệm của Phật Giáo Đại Thừa hay Kim Cương Thừa (tương tự Phật Giáo Mật Tông ở Tây Tạng. Kiến trúc đền được chia làm ba khối tầng: khối tầng đáy dạng hình chóp với năm bậc thang hình vuông đồng tâm, khối tầng giữa là thân của một hình nón với ba nền tảng hình tròn và ở trên đỉnh là một bảo tháp hoành tráng. Các bức tường và lan can được trang trí với phù điêu thấp, bao gồm tổng diện tích bề mặt 2.500 m2. Xung quanh các nền tảng tròn là 72 bảo tháp chuông hình mắt cáo, mỗi tháp chứa một bức tượng của Đức Phật. Borobudur có 4 lối lên xuống Đông, Tây, Nam, Bắc, trong đó cổng chính nằm ở hướng Đông. Di tích được khôi phục với sự giúp đỡ của UNESCO trong những năm 1970.
Cả quần thể đền Borobudur gồm nhiều tháp nhỏ xung quanh và một tháp lớn cũng là điện thờ chính nằm ở trung tâm quần thể. Toàn bộ khu vực này được xây dựng cách chân đồi khoảng 16m. Ngôi đền to nhất có chiều cao 42m với 12 tầng tháp, chiều dài mỗi chân đền là 123m. Nhưng nếu đi hết các bậc thang, các hành lang của 12 tầng để lên đỉnh tháp thì phải dài đến 5 km.
Tầng thứ nhất của tháp chính hình vuông, mỗi cạnh hướng về một phía rõ rệt. Giữa mỗi cạnh có một khoảng trống rộng khoảng 7,38 m có hai con sư tử bằng đá chầu hai bên. Hình thù hai con sư tử này khá đồ sộ, chiều cao từ chân đến đỉnh là 1,7m kể cả bệ đá, chiều dài khoảng 1,26m và chiều rộng là 0,8m. Miệng sư tử há rộng, có bờm ở lưng, cổ và ngực, đuôi uốn cong ngược về phía sau nên nhìn tổng thể rất dữ tợn. Trong khu vực quần thể đền tháp Borobudur có tổng cộng 8 con sự tử đều được đúc và chạm trổ tinh xảo với hình dáng giống nhau.
Tầng thứ hai của đền cách tầng thứ nhất 1,52m, không xây theo dạng hình vuông như tầng thứ nhất mà hình đa giác, có tổng cộng 20 cạnh. Tuy nhiên vẫn có bốn cạnh lớn hướng về bốn phương trời, giữa bốn cạnh lớn này lại có bốn tầng cấp. Hai bên tầng cấp có lan can uốn cong. Cuối lan can là một đầu voi to, trong miệng voi lại ngoạm một con sư tử, còn đầu lan can kia là hình tượng của một đàn sư tử, mõm mở rộng, lưng tựa vào tường.
Từ tầng thứ ba trở lên tháp được xây dựng theo hình vuông nhưng đến ba tầng trên cùng lại được xây theo hình tròn. Trên mỗi tầng có nhiều hình ảnh được chạm khắc bên ngoài miêu tả các đền tháp, tượng phật...Trên cùng của tháp là mái tròn hình chuông.
Tất cả các bậc thềm từ tầng một đến tầng chín đều được phủ kín những phù điêu, được chạm trổ vô cùng công phu miêu tả về cuộc đời của đức Phật Thích Ca Mầu Ni, các vị Bồ tát, các anh hùng đã giác ngộ về Phật pháp, về thiên đàng và địa ngục. Xung quanh tháp chính còn nhiều tháp nhỏ cũng được xây dựng với những hình chạm khắc vô cùng tinh xảo, ngoài ra còn có nhiều tượng Phật nhỏ được đặt quanh sân ngôi đền.
Riêng ba tầng trên cùng phẳng phiu, trơn nhẵn có trổ 72 tháp chuông hình mắt cáo. Bên trong có đặt 72 tượng Phật ngồi (tầng thứ nhất 2,32 m, tầng thứ hai 2,24 m và tầng trên cùng 2,16m).
Cùng với nỗ lực của chính phủ Indonesia, năm 1991 Tổ chức Khoa học, Giáo dục và Văn hóa của Liên hiệp quốc đã công nhận Quần thể đền tháp Borobudur là Di sản văn hóa thế giới năm 1991.