Theo báo cáo của 24 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (một số tỉnh, thành phố lớn như Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai… chưa báo cáo), số kinh phí thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh COVID-19 đến ngày 30/9/2022 là 1.006 tỷ đồng. Chi phí khám, chữa bệnh do quỹ bảo hiểm y tế chi trả đối với các bệnh kèm theo của người bệnh mắc COVID-19 là 5,43 tỷ đồng năm 2020; 136,3 tỷ đồng năm 2021 và khoảng 657,7 tỷ đồng trong 9 tháng năm 2022.
Chi phí thực hiện xét nghiệm SARS-CoV-2 ở người bệnh sau khi xét nghiệm được xác định không mắc COVID-19 đã được bảo hiểm thanh toán là 21,4 tỷ đồng năm 2020; 121,8 tỷ đồng năm 2021 và 21,4 tỷ đồng 9 tháng năm 2022. Chi phí điều trị bệnh khác ở người bệnh COVID-19 năm 2021 đã được cơ sở khám, chữa bệnh đề nghị cơ quan Bảo hiểm xã hội thanh toán tăng lên hơn 25 lần so với năm 2020 và trong 9 tháng năm 2022 đã tăng hơn 5 lần so với năm 2021.
Chi phí này được chi căn cứ theo quy định của Luật Bảo hiểm y tế, Luật Phòng, chống bệnh truyền nhiễm và các văn bản hướng dẫn thực hiện. Theo đó, trường hợp người bệnh đến cơ sở y tế khám, chữa bệnh vì xuất hiện các triệu chứng nghi ngờ mắc COVID-19, được bác sỹ chỉ định xét nghiệm để chẩn đoán theo các quy định về chẩn đoán và điều trị bệnh COVID-19 của Bộ Y tế nhưng kết quả chẩn đoán xác định cuối cùng là không mắc COVID-19, quỹ bảo hiểm y tế sẽ thanh toán chi phí của các xét nghiệm phát hiện virus SARS-COV-2 nêu trên.
Bộ trưởng Y tế Đào Hồng Lan cho biết sau khi Nghị quyết số 12/2021/UBTVQH15 ngày 30/12/2021 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc cho phép thực hiện một số cơ chế, chính sách trong lĩnh vực y tế để phục vụ công tác phòng, chống dịch COVID-19 có hướng dẫn “Trường hợp cơ sở thu dung, điều trị COVID-19 không bóc tách được chi phí khám bệnh, chữa bệnh COVID-19 và các bệnh khác để thanh toán theo các nguồn hoặc không thu được các khoản chi phí mà người bệnh phải trả theo quy định do nguyên nhân bất khả kháng thì được ngân sách Nhà nước chi trả theo quy định của Chính phủ” vướng mắc nêu trên đã cơ bản được giải quyết.