Theo nội dung kiến nghị tại kết luận thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật trong hoạt động, kiểm tra, chống thất thu ngân sách với Cục thuế TP HCM, Thanh tra Chính phủ đề nghị truy thu nộp bổ sung ngân sách số thuế phát sinh tăng phát hiện qua thanh tra từ năm 2010 đến 2014 của Sabeco gần 2.480 tỷ đồng.
Đây là khoản tiền do thay đổi giá tính thuế từ Công ty TNHH MTV Thương mại Bia Sài Gòn sang Công ty cổ phần Thương mại khu vực của Sabeco. Thanh tra Chính phủ cho biết, số tiền thuế tiêu thụ đặc biệt đề nghị truy thu lần này đã trừ số kiến nghị truy thu năm 2013 của Kiểm toán Nhà nước.
Cơ quan thanh tra đề nghị Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục thuế, Cục thuế TP HCM thực hiện.
Hồi đầu năm 2015, Kiểm toán Nhà nước cũng đã kiến nghị truy thu thuế tiêu thụ đặc biệt năm 2013 với Sabeco số tiền gần 409 tỷ đồng. Ngoài số tiền này, trong năm 2015 Bộ Tài chính còn truy thu thêm 1.000 tỷ đồng các khoản thuế tiêu thụ đặc biệt, thu nhập doanh nghiệp khác của Sabeco từ các năm trước đó.
Tại Đại hội đồng cổ đông thường niên 2016, ngày 27/5, ông Vũ Thanh Hà, Chủ tịch Hội đồng quản trị Sabeco tiết lộ, việc thuế tiêu thụ đặc biệt điều chỉnh tăng từ mức 50% lên mức 55% bắt đầu từ năm 2016 khiến doanh nghiệp này sẽ mất thêm khoảng 942 tỷ đồng do tăng thuế và Sabeco đã trích 1.500 tỷ đồng cho thuế tiêu thụ đặc biệt.
Dự kiến trong năm 2016, Sabeco phải đóng thuế khoảng 15.000 tỷ đồng, trong đó công ty mẹ đóng 6.500 tỷ đồng, còn lại là đóng thuế của các công ty liên kết.
Theo kế hoạch, Sabeco sẽ lên sàn vào cuối 2016. Lộ trình thoái vốn tại Sabeco sẽ chia làm 2 đợt: Đợt 1 thoái 53,59% vốn điều lệ, tương đương 24.500 tỷ đồng trong năm 2016. Đợt thứ 2 sẽ thoái tiếp 36% còn lại, tương đương 16.000 tỷ đồng trong năm 2017, sau khi Sabeco đã niêm yết trên sàn chứng khoán.
