Nghị quyết 94 của Quốc hội cho phép dự án xây dựng sân bay Long Thành được sử dụng nhiều nguồn vốn khác nhau như: vốn ngân sách nhà nước, vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước của ngành hàng không, vốn doanh nghiệp, vốn đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP) và các loại vốn khác.
Tuy nhiên, báo cáo nghiên cứu khả thi của Bộ Giao thông vận tải chưa có đánh giá tác động cụ thể của từng loại nguồn vốn (ví dụ: như tính toán tác động đến nợ công nếu vay vốn ODA) mà mới tập trung vào phương án sử dụng vốn của doanh nghiệp nhà nước (VATM - Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam) và doanh nghiệp do nhà nước chi phối (ACV - Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam) thực hiện.
Trong tổng số 4,194 tỷ USD vốn của ACV đầu tư vào dự án, dự kiến ACV phải đi vay khoảng 2,628 tỷ USD. Theo Phụ lục V kèm theo Tờ trình của Chính phủ thì khoản vay này không làm tăng nợ công do không sử dụng vốn ODA.
Ủy ban Kinh tế nhận thấy, theo quy định tại Điều 41 của Luật Quản lý nợ công, dự án sân bay Long Thành thuộc đối tượng được bảo lãnh Chính phủ; nếu được Chính phủ bảo lãnh thì khoản vay này sẽ được tính vào nợ công.
Do đó, Ủy ban Kinh tế đề nghị Chính phủ báo cáo thêm rằng Chính phủ có khả năng cấp bảo lãnh đối với khoản vay này không, để có cơ sở đánh giá đầy đủ, chính xác tác động của phương án huy động vốn đối với nợ công.
Mặt khác, Ủy ban Kinh tế lưu ý: ACV là doanh nghiệp do nhà nước chi phối, nên dù huy động vốn dưới hình thức nào thì nhà nước vẫn có trách nhiệm trong việc xử lý khi có rủi ro đối với phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp. Do đó, kể cả việc Chính phủ không cấp bảo lãnh đối với khoản vay này thì cũng cần có sự giám sát chặt chẽ của cơ quan có thẩm quyền đối với hoạt động vay, sử dụng vốn vay của ACV.
Theo Ủy ban Kinh tế, Chính phủ cũng cần cân nhắc về khả năng huy động vốn của ACV vì phải đồng thời thực hiện đầu tư mở rộng Cảng hàng không Tân Sơn Nhất cũng như các cảng hàng không khác trên cả nước với dự án sân bay Long Thành.
Đối với nguồn vốn của VATM, Ủy ban Kinh tế cũng đề nghị cần làm rõ hơn năng lực tài chính để thực hiện. Trong trường hợp sử dụng vốn của ACV và VATM, cần có ý kiến của Ủy ban Quản lý vốn nhà nước về việc bố trí vốn của doanh nghiệp để thực hiện dự án.