Cụ thể, đối với 21 bị cáo bị xét xử về tội “Nhận hối lộ”, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các mức án gồm: Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) bị đề nghị tuyên phạt Tử hình; Tô Anh Dũng (cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao) 12-13 năm tù; Nguyễn Thị Hương Lan (cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao) 18-19 năm tù; Vũ Anh Tuấn (cựu cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) 19-20 năm tù; Đỗ Hoàng Tùng (cựu Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao), Trần Văn Dự (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) cùng bị đề nghị từ 9-10 năm tù; Trần Văn Tân (cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam), Vũ Sỹ Cường (cựu cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an) cùng bị đề nghị từ 8-9 năm tù; Nguyễn Quang Linh (cựu Trợ lý Phó Thủ tướng), Nguyễn Thanh Hải (cựu Vụ trưởng Vụ Quan hệ Quốc tế, Văn phòng Chính phủ) cùng bị đề nghị 7-8 năm tù; Nguyễn Tiến Thân (cựu chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế, Văn phòng Chính phủ), Nguyễn Mai Anh (cựu chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế, Văn phòng Chính phủ) cùng bị đề nghị từ 6-7 năm tù; Nguyễn Hồng Hà (cựu Tổng Lãnh sự Việt Nam tại Osaka, Nhật Bản), Vũ Hồng Quang (cựu Phó trưởng Phòng Vận tải Hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải), Ngô Quang Tuấn (cựu chuyên viên Vụ Hợp tác quốc tế, Bộ Giao thông Vận tải) cùng mức đề nghị 5-6 năm tù; Vũ Hồng Nam (cựu Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản), Lê Tuấn Anh (cựu Chánh Văn phòng Cục Lãnh sự), Chử Xuân Dũng (cựu Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội) cùng mức 4-5 năm tù; Vũ Ngọc Minh (cựu Đại sứ Việt Nam tại Angola) 3-4 năm tù; Lưu Tuấn Dũng (cựu Phó trưởng phòng Bảo hộ công dân, Cục Lãnh sự Bộ Ngoại giao), Lý Tiến Hùng (cựu chuyên viên Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường, Bộ Giáo dục và Đào tạo) cùng bị đề nghị từ 2-3 năm tù.
Đối với nhóm 23 bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Đưa hối lộ", đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị các mức án gồm: Lê Hồng Sơn (Tổng Giám đốc Công ty Blue Sky) 11-12 năm tù; Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Tổng Giám đốc Công ty Blue Sky) 10-11 năm tù; Hoàng Diệu Mơ (Tổng Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại du lịch dịch vụ Hàng không An Bình) 8-9 năm tù; Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty Cổ phần thương mại du lịch Lữ hành Việt) 7-8 năm tù; Hoàng Anh Kiếm (trú tại tổ 6 phường Thanh Trì, quận Hoàng Mai, Hà Nội) 6-7 năm tù; Nguyễn Thị Tường Vy (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên ATA Việt Nam), Võ Thị Hồng (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại và dịch vụ Hàng không Minh Ngọc) cùng mức 5-6 năm tù; Lê Văn Nghĩa (Giám đốc Công ty Cổ phần du lịch và dịch vụ ăn uống Nhật Minh), Trần Thị Mai Xa (Giám đốc Công ty MasterLife), Lê Thị Ngọc Anh (cán bộ Ban Đối ngoại Trung ương Đảng) cùng mức đề nghị 4-5 năm tù; Nguyễn Thị Hiền (trú tại phường Ngọc Lâm, quận Long Biên, Hà Nội), Đào Minh Dương (Giám đốc Công ty Cổ phần Vijasun), Nguyễn Thị Dung Hạnh (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn G19 Việt Nam) mức 3-4 năm tù; Vũ Thùy Dương (Giám đốc Công ty Cổ phần thương mại Lữ hành Việt), Phan Thị Mai (Giám đốc Công ty Cổ phần Quốc tế Sao Hà Nội), Vũ Minh Thắng (Giám đốc Công ty Đầu tư và Thương mại Thuận An), Nguyễn Thế Dũng (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn du lịch thương mại Sang Trọng), Phạm Bích Hằng (sinh năm 1969, trú tại phường Hạ Đình, quận Thanh Xuân, Hà Nội) từ 2-3 năm tù; Trần Hồng Hà (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn cung ứng nguồn nhân lực và thương mại Quốc tế Sao Việt), Trần Tiến (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn thương mại và du lịch Phi Trường) từ 18-14 tháng tù; Phạm Bá Sơn (nhân viên Công ty Cổ phần Xây dựng Thái Hòa), Tào Đức Hiệp (Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn du lịch và dịch vụ Công đoàn Đường sắt) từ 18-20 tháng tù; Đào Thị Chung Thúy (trú tại phường Nguyễn Trãi, quận Hà Đông, Hà Nội) 12- 18 tháng tù, nhưng cho hưởng án treo.
Bốn bị cáo: Trần Việt Thái (cựu Đại sứ Việt Nam tại Malaysia) bị đề nghị mức án từ 5-6 năm tù; Nguyễn Lê Ngọc Anh (cựu cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia), Nguyễn Hoàng Linh (cựu cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia) từ 4-5 năm tù; Đặng Minh Phương (cựu kế toán Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia) từ 2-3 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Bốn bị cáo: Nguyễn Anh Tuấn (cựu Phó Giám đốc Công an thành phố Hà Nội) từ 6-7 năm tù; Bùi Huy Hoàng (cựu chuyên viên Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm, Cục Y tế Dự phòng, Bộ Y tế) 3-4 năm tù; Trần Quốc Tuấn (Giám đốc Công ty Cổ phần xúc tiến thương mại và du lịch Việt Nam), Phạm Thị Kim Ngân (cán bộ Phòng Trị sự, Tạp chí Thanh tra) 2-3 năm tù về cùng tội “Môi giới hối lộ”.
Bị cáo Hoàng Văn Hưng (cựu Trưởng phòng 5, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an) 19-20 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".
Bị cáo Trần Minh Tuấn (Giám đốc Công ty Cổ phần xây dựng Thái Hòa) bị đề nghị từ 14-15 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, từ 1-2 năm tù về tội “Đưa hối lộ”; tổng hợp hình phạt chung là từ 15-17 năm tù.
Bản luận tội nhấn mạnh, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp. Hành vi phạm tội của nhóm các bị cáo nhận hối lộ, lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ đã lợi dụng hoàn cảnh dịch COVID-19 bùng phát để phạm tội. Hành vi phạm tội xảy ra ở nhiều Bộ, ngành, địa phương khác nhau, tội danh mà các bị cáo bị xử lý chủ yếu thuộc nhóm tội phạm đặc biệt nghiêm trọng, hành vi mang tính đặc biệt nguy hiểm cho xã hội. Mặt khác, các bị cáo nhận hối lộ là những người có chức vụ quyền hạn cao trong các cơ quan nhà nước; sau khi thực hiện hành vi phạm tội có dấu hiệu của việc thông đồng khai báo để che giấu hành vi phạm tội, thậm chí còn có việc tác động, nhờ giúp đỡ để một số cá nhân là các bị cáo nhóm doanh nghiệp không bị xử lý hình sự. Đến nay, một số bị cáo chưa thành khẩn khai báo, không thừa nhận hành vi phạm tội.
Đối với các bị cáo nhận hối lộ, bản luận tội nêu rõ: Thực hiện chủ trương của Đảng, Nhà nước, các cơ quan nhà nước đã tổ chức hơn 1.000 chuyến bay đưa hơn 200.000 công dân từ 62 vùng lãnh thổ về nước là thể hiện chính sách, chủ trương nhân đạo của Nhà nước ta. Mục đích và ý nghĩa của các chuyến bay là rất tốt đẹp. Thế nhưng, chủ trương tốt đẹp đã bị một số cán bộ biến chất làm cho hoen ố, mất uy tín với nhân dân dân và bạn bè quốc tế. Một số bị cáo trong nhóm nhận hối lộ đã bất chấp tất cả, biến nhu cầu về sự an toàn của người dân thành cơ hội kiếm tiền cho bản thân, cụ thể, những bị cáo này đã nhũng nhiễu, gây khó khăn, tạo ra cơ chế xin cho buộc đại diện các doanh nghiệp phải đưa chi phí bôi trơn, đưa hối lộ để được cấp phép các chuyến bay.
Do đó, cần phải có hình phạt nghiêm khắc, tương xứng với tính chất mức độ hành vi phạm tội đối với các bị cáo nhận hối lộ. Tuy nhiên, theo Viện Kiểm sát cũng cần xem xét để giảm nhẹ một phần hình phạt cho các bị cáo: Thời điểm xảy ra dịch đang diễn ra việc thực hiện các chuyến bay đưa công dân về nước cũng nhanh và phức tạp, không có quy định rõ ràng về trình tự, thủ tục nên đây cũng là nguyên nhân, sơ hở để các bị cáo phạm tội; một số bị cáo không chủ động yêu cầu đưa tiền nhưng do không tránh được cám dỗ nên đã phạm tội.
Đối với các bị cáo bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, theo Viện Kiểm sát, thời điểm năm 2020, 2021, diễn biến tình hình dịch COVID-19 ở Malaysia và trên toàn thế giới hết sức phức tạp. Tháng 3/2020, Chính phủ Malaysia công bố đóng cửa biên giới dẫn đến nhiều du học sinh, công dân Việt Nam, người lao động bị mắc kẹt; hơn 2.000 người mãn hạn tù là công dân Việt Nam đang ở các trại chờ gây nên áp lực rất lớn đối với chính quyền nước sở tại. Chính quyền Malaysia gửi nhiều văn bản yêu cầu Đại sứ quán đề nghị Chính phủ Việt Nam đưa người mãn hạn tù về nước bằng bất cứ hình thức nào.
Trước tình hình đó, mặc dù không có kinh phí, Đại sứ quán đã chủ động báo cáo Bộ Ngoại giao xin phép Chính phủ cho Đại sứ quán tổ chức bảo hộ công dân, đưa người mãn hạn tù từ nhiều nơi trên khắp đất nước Malaysia về nước trên các chuyến bay giải cứu bằng kinh phí tự nguyện của những người này. Mặc dù hành vi Trần Việt Thái, Nguyễn Lê Ngọc Anh, Nguyễn Hoàng Linh, Đặng Minh Phương đã bị truy tố, xét xử về tội "Lợi dụng chức vụ chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" nhưng cũng cần đánh giá, xem xét nguyên nhân, hoàn cảnh phạm tội của các bị cáo để giảm nhẹ một phần.
