Việc không truy thu 176,3 tỷ đồng thuế nhà thầu đã được cơ quan quản lý nhắc đến như một biện pháp tháo gỡ khó khăn cho Công ty TNHH Gang thép Hưng Nghiệp - Formosa sau sự cố phản đối Trung Quốc ngày 13/5/2014. Cụ thể, trong một công văn ngày 6/9/2014, Bộ Tài chính hướng dẫn, Formosa Hà Tĩnh không phải nộp thuế nhà thầu với hàng hóa, thiết bị nhập khẩu kèm theo bảo hành (là trách nhiệm và nghĩa vụ của người bán) theo hợp đồng, ngoài ra không kèm theo dịch vụ nào khác.
Tuy nhiên, theo quy định tại Thông tư 60/2012 của Bộ Tài chính, đối tượng áp thuế nhà thầu đối với hàng hóa, thiết bị nhập khẩu kèm theo bảo hành là các nhà thầu nước ngoài có thu nhập tại Việt Nam thông qua việc bán hàng hóa, thiết bị nhập khẩu kèm theo bảo hành. Như vậy, khoản thuế nhà thầu 176 tỷ đồng không phải do Formosa bỏ tiền túi nộp cho ngân sách Việt Nam mà Formosa chỉ là đối tượng khấu trừ và nộp hộ nhà thầu nước ngoài. Trong khi đó, nhà thầu này lại không phải đối tượng chịu ảnh hưởng của vụ sự cố 13/5/2014. Chưa kể, theo thống kê thiệt hại của Formosa Hà Tĩnh, đơn vị này chỉ thiệt hại chưa đến 5 tỷ đồng.
Trao đổi với VnExpress, một chuyên gia trong ngành thuế nhìn nhận, việc Formosa Hà Tĩnh được tháo gỡ khó khăn đối với phần thuế phải nộp không thuộc nghĩa vụ của mình mà thuộc trách nhiệm của nhà thầu nước ngoài không có liên quan đến thiệt hại là vô lý. "Đáng lẽ ra Formosa Hà Tĩnh có nghĩa vụ khấu trừ trước khi thanh toán cho nhà thầu nước ngoài. Việc không truy thu này áp dụng nhầm đối tượng", vị này nói.
Một nguồn tin từ Tổng cục Thuế cho biết, ban đầu, đơn vị vẫn có kế hoạch truy thu thuế nhà thầu với Formosa Hà Tĩnh bình thường nhưng phương án tháo gỡ khó khăn này được đưa ra theo sự chỉ đạo của văn bản 207 (năm 2014) của Văn phòng Chính phủ nhằm giúp đỡ, hỗ trợ các doanh nghiệp khắc phục thiệt hại, sớm trở lại phát triển sản xuất kinh doanh. "Hỗ trợ doanh nghiệp khắc phục khó khăn là cần thiết nhưng việc hỗ trợ vượt khung và với khoản thuế không thuộc trách nhiệm của họ có thể gây ra những tiền lệ xấu sau này", đại diện này phân tích.
Mới đây, trong một văn bản dự thảo trình Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế cũng đã đề cập tới việc dừng hàng loạt những phương án hỗ trợ (trong đó có hỗ trợ hoàn hơn 10.000 tỷ đồng thuế sau sự cố 13/5) cho Formosa ngay từ tháng 9 này.
Kể từ khi hoạt động năm 2009 đến nay, riêng Formosa đã được cơ quan thuế hoàn 14.600 tỷ đồng. Theo đại diện ngành thuế, việc hoàn thuế này là đúng với Luật và quy định.