Trước đó, Tạp chí Giao thông vận tải ngày 15/11/2016 có bài "Tận mắt thấy tàu khủng đổ trăm tấn chất thải nguy hại xuống sông Hồng" và Thông tấn xã Việt Nam có bài "Xác minh thông tin đổ hợp chất nghi là chất thải xuống sông Hồng".
Về việc này, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình giao Bộ Công an khẩn trương tổ chức điều tra, làm rõ sự việc các báo nêu trên, nếu có vi phạm phải xử lý kịp thời theo quy định của pháp luật bảo vệ môi trường, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 30/11/2016.
Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Bộ Công an, UBND thành phố Hà Nội và các địa phương liên quan khẩn trương kiểm tra, rà soát toàn bộ hoạt động xả thải, hoạt động khai thác cát sỏi thuộc lưu vực sông Hồng và các lưu vực sông, xử lý kịp thời và nghiêm minh các hành vi vi phạm pháp luật bảo vệ môi trường, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 20/12/2016.
Liên quan đến sự việc này, Sở TN&MT Hà Nội đã thành lập đoàn thanh tra xuống kiểm tra thực địa nhằm xác minh, làm rõ. Công an Hà Nội đã tạm giữ phương tiện xả thải ra sông Hồng. Kiểm tra bước đầu cho thấy tàu số hiệu P.T0677 đã hết hạn đăng kiểm, chủ tàu chưa xuất trình được các giấy tờ liên quan được phép xả thải. Lái tàu khai nhận, số hợp chất trên được lấy từ một con tàu mắc cạn tại bãi đất bồi phường Thanh Trì, quận Hoàng Mai.
Công an thành phố Hà Nội cũng đã đình chỉ 3 cán bộ Cảnh sát giao thông đường thủy xuất hiện trong clip để điều tra làm rõ và tiếp tục phân tích mẫu chất thải để lấy căn cử xứ lý.
Ngày 16/11/2016, Chủ tịch UBND TP.Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã ký công văn số 6606/UBND-TKBT gửi Giám đốc Công an TP.Hà Nội yêu cầu kiểm tra, xử lý thông tin về chiếc tàu P.T0677 xả hàng trăm tấn chất thải xuống sông Hồng.
Chủ tịch UBND Thành phố giao Giám đốc Công an Thành phố Hà Nội kiểm tra, làm rõ; Điều tra, xử lý chủ tàu mang số hiệu P.T0677 theo quy định của pháp luật (nếu có sai phạm); Xem xét, xử lý trách nhiệm các tập thể, cá nhân liên quan. Báo cáo Thành ủy, UBND Thành phố trước ngày 05/12/2016.