Theo cơ quan trên, việc tổ chức Olympic và Paralympic Tokyo 2020 thực tế đã tiêu tốn 1.700 tỷ yen (12,9 tỷ USD), cao hơn 20% so với 1.420 tỷ yen mà ban tổ chức các sự kiện thể thao này công bố hồi đầu năm nay. Cơ quan kiểm toán cho biết ban tổ chức đã tính thiếu các khoản chi tiêu của chính phủ liên quan đến Olympic cho các hạng mục như biện pháp chống doping, công tác huấn luyện vận động viên, đồ ăn Nhật Bản tại làng vận động viên và sân vận động Olympic. Cơ quan kiểm toán kêu gọi trong tương lai, chính phủ cần công bố tổng kinh phí một cách kịp thời vì liên quan đến một sự kiện lớn.
Người phát ngôn Chính phủ Nhật Bản Hirokazu Matsuno ngày 22/12 nói rằng "chính phủ đã nắm được các vấn đề được nêu ra và sẽ có phản ứng phù hợp", nhưng không đưa ra chi tiết.
Hồi năm 2013, ước tính kinh phí tổ chức Olympic và Paralympic Tokyo 2020 chỉ khoảng 734 tỷ yen, nhưng chi phí này đã dần tăng lên sau đó. Olympic và Paralympic Tokyo 2020 đã bị hoãn một năm vì đại dịch COVID-19. Việc trì hoãn này và các biện pháp phòng chống dịch đã làm tăng chi phí tổ chức. Ở thế vận hội này, khán giả bị cấm tham gia gần như tất cả các sự kiện trong bối cảnh các biện pháp phòng ngừa dịch bệnh nghiêm ngặt được áp dụng.
Hiện các công tố viên Nhật Bản đang điều tra một loạt cáo buộc gian lận liên quan đến các hợp đồng tài trợ tại Olympic và Paralympic Tokyo 2020. Theo hãng tin NHK, ngày 22/12, một cựu giám đốc điều hành công ty may mặc lớn đã phải hầu tòa với cáo buộc hối lộ một quan chức trong ban tổ chức thế vận hội trên và thừa nhận đã đưa tiền để giành quyền tài trợ cho công ty của ông. Vụ bê bối tham nhũng này đang phủ bóng đen lên nỗ lực đăng cai Olympic và Paralympic mùa Đông 2030 của thành phố Sapporo, miền Bắc Nhật Bản.