Tình trạng ô nhiễm nguồn nước đang ngày càng nghiêm trọng trên địa bàn này, không chỉ nguồn nước thải công nghiệp mà cả nước thải sinh hoạt đô thị vẫn chưa được xử lý thải ra. Ngoài nguồn nước đến từ kênh Chợ Đệm chảy sang, UBND huyện Bình Chánh cũng cho rằng hiện trên địa bàn huyện này còn nhiều nguồn nước thải công nghiệp không đạt chuẩn xả ra môi trường, làm ô nhiễm kênh rạch và diện tích ô nhiễm ngày càng lan rộng.
Đáng chú ý là tình trạng nước thải công nghiệp tại Khu công nghiệp Lê Minh Xuân chảy tràn vào hệ thống nước mưa, đổ ra nhiều nhánh kênh B, kênh C rồi thông ra sông Chợ Đệm. Các hộ nông dân nuôi cá và trồng lúa sử dụng nguồn nước từ kênh rạch và gần đây đã xuất hiện tình trạng cá chết nhiều hơn, cây trồng bị ảnh hưởng.
Để chấn chỉnh tình trạng trên, UBND huyện đã triển khai thực hiện đề án nâng cao chất lượng thực hiện công tác thu gom, xử lý chất thải, nước thải sinh hoạt và sản xuất, xử lý chất thải chăn nuôi và cung cấp nước sạch trên địa bàn huyện giai đoạn 2016-2020; tập trung triển khai thực hiện Chương trình “Giảm ô nhiễm môi trường” trên địa bàn huyện giai đoạn 2017 - 2020.
Được biết, sắp tới TP.HCM sẽ đầu tư xây dựng 11 nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt với tổng công suất xử lý đạt gần 1,9 triệu m3/ngày vào năm 2020 và tăng lên hơn 3 triệu m3/ngày vào năm 2030 mới đáp ứng được yêu cầu về xử lý nước thải sinh hoạt cho thành phố.