Thời kỳ kiểm toán từ 1/7/2014 đến 30/9/2016 và các thời kỳ trước, sau có liên quan. Thời gian tiến hành kiểm toán từ ngày 3/10/2016 đến ngày 1/12/2016.
Kết quả kiểm toán chỉ ra những tồn tại, hạn chế trong tiến độ thực hiện hợp đồng. Theo đó, tiến độ thực hiện nhiều gói thầu bị chậm so với tiến độ cam kết trong hợp đồng, dẫn đến phải gia hạn bổ sung thời gian thực hiện từ 0,7 tháng đến 45 tháng.
VIDIFI, các đơn vị thực hiện công tác giải phóng mặt bằng của các địa phương có dự án đi qua phải chịu trách nhiệm về những yếu kém trên.
KTNN cũng đánh giá, phương án tài chính được lập dựa trên cơ sở tính toán, dự báo. Một số nguồn thu, hỗ trợ thực tế chưa có, do đó chưa đủ cơ sở để đảm bảo khả năng hoàn vốn, phát huy hiệu quả.
Phương án tài chính xác định nợ gốc phải trả chưa chính xác theo giá trị thực tế được đối chiếu giữa VDB và VIDIFI. Thực tế nợ gốc tại thời điểm 31/12/2015 là 27.558 tỷ đồng nhưng trên phương án tài chính xác định là 32.123 tỷ đồng.
Phương án tài chính cũng chưa có ý kiến thẩm định của Bộ GTVT sau khi cập nhật, điều chỉnh một số chỉ tiêu như: Tổng mức đầu tư điều chỉnh từ 45.487 tỷ đồng thành 44.818; chi phí hỗ trợ bồi thường giải phóng mặt bằng tái định cư tăng 370 tỷ đồng; lãi vay VND trong thời gian vận hành giảm từ 11%/năm xuống 10%/năm từ 1/7/2016.
Sau khi điều chỉnh một số thông số đầu vào của phương án tài chính theo số liệu kiểm toán tại thời điểm 30/9/2016, thời gian hoàn vốn của dự án là 28 năm 8 tháng 27 ngày (giảm 1 năm 3 tháng 3 ngày so với phương án tài chính điều chỉnh của dự án đang trình Bộ GTVT thẩm định).
Cụ thể, KTNN đã giảm chi phí vốn đầu tư thực hiện 34 tỷ đồng, giảm chi phí lãi vay trong thời gian xây dựng và tăng chi phí lãi vay trong thời gian vận hành khai thác 187 tỷ đồng theo kết quả kiểm toán, làm giảm thời gian thu phí hoàn vốn 1 tháng 18 ngày.
Cùng với đó, phía kiểm toán xác định lại nợ gốc phải trả theo số liệu thực tế trên sổ kế toán của VIDIFI tại thời điểm 31/12/2015 làm giảm thời gian thu phí hoàn vốn 1 năm 1 tháng 15 ngày.
KTNN kiến nghị chủ đầu tư xử lý tài chính với tổng số tiền 325 tỷ đồng; đôn đốc thu hồi 357 tỷ đồng.
Dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội – Hải Phòng được Thủ tướng Chính phủ cho phép đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT và áp dụng một số cơ chế, chính sách thí điểm tại Quyết định 1621 năm 2007. Nhà đầu tư đồng thời là chủ đầu tư của dự án là Tổng công ty Phát triển hạ tầng và đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI).
Tổng chiều dài tuyến đường 105,5km đi qua thành phố Hà Nội, tỉnh Hưng Yên, tỉnh Hải Dương và thành phố Hải Phòng. Đường ô tô cao tốc loại A gồm 6 làn xe, vận tốc thiết kế 120km/h. Diện tích sử dụng đất cho tuyến đường cao tốc khoảng 1.400ha. Dự án được khởi công sớm hơn vào ngày 19/5/2008 nhưng hoàn thành vào ngày 5/12/2015.
