Cụ thể, để tổ chức thi công đoạn hầm và các ga ngầm, ngày 23/01/2018, Sở Xây dựng đã cấp Giấy phép số 14/GP-SXD, 20/GP - SXD cho Ban Quản lý ĐSĐT Hà Nội được phép dịch chuyển, chặt hạ 175 cây, bao gồm trên vỉa hè Kim Mã (ven hồ Thủ Lệ); đường Cát Linh (khu vực nhà ga số 10) và trên vỉa hè đường Trần Hưng Đạo (khu vực nhà ga số 12).
Trong đó, dịch chuyển 122 cây đang sinh trưởng phát triển bình thường, đưa về nút giao Vĩnh Ngọc trên đường Võ Nguyên Giáp để trồng và chăm sóc. Dịch chuyển 12 cây sưa về Công viên Thống Nhất để trồng và chăm sóc; chặt hạ 41 cây cong nghiêng, cụt ngọn, mục gốc, mục thân, già cỗi, không đúng chủng loại cây đô thị.
Lãnh đạo Ban Quản lý ĐSĐT Hà Nội cho biết, phương án dịch chuyển, chặt hạ cây xanh phải bảo đảm tuân thủ quy trình của Thành phố về an toàn và vệ sinh môi trường. Thi công cắt tỉa cành đối với cây đánh chuyển; cắt cành, thân đối với cây chặt hạ và thu hồi củi gỗ. Tiếp theo thi công đánh gốc đối với cây chặt hạ, đánh bầu đối với cây đánh chuyển và vận chuyển về thi công trồng lại. Sở Xây dựng và Ban Quản lý ĐSĐT Hà Nội có trách nhiệm giám sát, kiểm tra trong quá trình thực hiện di chuyển và duy tu chăm sóc ở địa điểm trồng lại.
Việc di chuyển, chặt hạ cây được giao cho các nhà thầu: Liên danh Hyundai E&C - Ghella JV; Công ty TNHH MTV Cây xanh Hà Nội; Công ty CP tư vấn đầu tư xây dựng Hà Thành thực hiện; nhà thầu tư vấn Systra giám sát. Dự kiến việc di chuyển cây sẽ hoàn thành trong tháng 6/2018.
Trước đó, tháng 9/2017, cũng để phục vụ thi công tuyến đường sắt đô thị Nhổn - ga Hà Nội, khoảng 130 cây xanh trên đường Kim Mã (từ hồ Thủ Lệ đến nút giao Núi Trúc) đã được chặt hạ, di chuyển.
Tháng 10/2016, 109 cây, trong đó có khoảng 100 cây xà cừ cổ thụ trên đường Kim Mã (đoạn hồ Thủ Lệ) cũng đã được chặt hạ, đánh chuyển về vườn ươm ở xã Đa Tốn trước khi đưa ra trồng trở lại trên một số tuyến đường, dải phân cách khác của Hà Nội.