Mặc dù hai nước đã ký thỏa thuận phạm vi hẹp về nông nghiệp và thương mại kỹ thuật số, nhưng mối đe dọa về thuế quan của Mỹ đối với ngành ô tô Nhật Bản chưa được hóa giải dứt khoát. Bằng chứng là các trận chiến thuế quan của chính quyền Trump với Trung Quốc và Liên minh châu Âu, có khả năng thiệt hại kinh tế nghiêm trọng nếu điều tồi tệ xảy ra.
Hai bên đã ký thỏa thuận Mỹ-Nhật vào tháng 10 với quy mô thương mại khoảng 55 tỷ USD. Theo đó, Nhật Bản sẽ cắt giảm hoặc bãi bỏ thuế quan đối với một số sản phẩm nông nghiệp Mỹ trị giá 7,2 tỷ USD, bao gồm cả thịt bò và thịt lợn, để phù hợp với các mức ưu đãi đang dành cho các đối tác của Nhật Bản trong hiệp định CPTPP. Mỹ sẽ cắt giảm thuế đối với một số mặt hàng nhập khẩu của Nhật Bản, bao gồm một số hàng hóa công nghiệp, nhưng không phải ô tô hoặc phụ tùng ô tô. Một thỏa thuận thương mại kỹ thuật số trị giá 40 tỷ USD cũng được bảo đảm bởi chính quyền Trump. Hiệp định song phương Mỹ-Nhật đã được Thượng viện và Hạ viện Nhật Bản thông qua và không yêu cầu sự phê chuẩn của Quốc hội Mỹ, do đó, hiệp định có thể có hiệu lực như kế hoạch vào ngày 01/01/2020. Sau đó, hai bên sẽ bắt đầu đàm phán giai đoạn 2, và hiện chưa rõ những gì sẽ có trên bàn đàm phán hoặc bao nhiêu tiến bộ có thể được thực hiện trước khi ông Trump phải đối mặt với cuộc bầu cử lại vào tháng 11 năm 2020.
Đối với ô tô, Đại diện Thương mại Mỹ Robert Lighthizer cho biết chính quyền Trump không có ý định đánh thuế mới đối với Nhật Bản trong thời điểm hiện tại. Tổng thống Trump chống lại thâm hụt thương mại và đã bày tỏ quyết tâm giảm bớt một trong những thâm hụt mà Mỹ có với Nhật Bản, phần lớn là do ngành công nghiệp ô tô. Thủ tướng Shinzo Abe muốn chống lại sự đe dọa áp thuế đối với ô tô và phụ tùng ô tô, có thể khiến Nhật Bản rơi vào suy thoái. Không có điều khoản tiền tệ nào trực tiếp hướng tới đồng yên Nhật Bản được đưa vào trong thỏa thuận ban đầu. Bộ trưởng Tài chính Mỹ Steven Mnuchin đã nói rằng Mỹ muốn bất kỳ thỏa thuận thương mại nào với Nhật Bản đều có lời văn về việc ngăn chặn sự mất giá cạnh tranh – thông qua các động thái tiền tệ được thiết kế đặc biệt để thúc đẩy xuất khẩu. Mỹ đảm bảo cách diễn giải tương tự đã được đưa vào thỏa thuận thương mại sửa đổi với Mexico và Canada, và lệnh cấm đó dự kiến sẽ là một phần của bất kỳ thỏa thuận nào giữa Mỹ và Trung Quốc. Mặc dù vậy, Nhật Bản muốn tránh bất kỳ điều khoản nào có thể ràng buộc Ngân hàng Nhật Bản với lập luận rằng tiền tệ và khối lượng xuất khẩu không còn tương quan. Ngoại trưởng Nhật Bản Toshimitsu Motegi cho biết rằng bất kỳ cuộc thảo luận nào về tiền tệ là giữa Bộ Tài chính Nhật Bản và Bộ Tài chính Mỹ, theo thỏa thuận đạt được vào tháng 2/2017.
Thỏa thuận thương mại Mỹ-Nhật được đàm phán vào tháng 9 năm 2018 sau khi Tổng thống Trump áp thuế đối với xuất khẩu nhôm, thép của Nhật Bản và đe dọa áp thuế đối với ô tô. Sau khi CPTPP bắt đầu có hiệu lực vào cuối năm 2018 và Nhật Bản thực thi hiệp định đối tác kinh tế với EU, dường như Mỹ đã bị mất thị phần tại Nhật Bản trước các đối thủ được hưởng ưu đãi thuế quan (Mỹ chiếm khoảng 1/4 nhập khẩu nông sản Nhật Bản năm 2017). Trong thương mại hàng hóa, thâm hụt của Mỹ với Nhật Bản đã là 61 tỷ USD trong năm 2018. Con số này giảm 8,1% so với năm 2017, là kết quả của việc xuất khẩu ô tô yếu hơn từ Nhật Bản và nhập khẩu nhiều máy bay và dầu hơn. Mỹ thực sự có thặng dư thương mại cho các dịch vụ, vốn đang dần tăng lên trong thập kỷ qua.
Điều thúc đẩy Nhật Bản đó là nước này muốn chống lại bất cứ điều gì có thể làm suy yếu nền kinh tế vốn đã mờ nhạt và suy thoái kỹ thuật ngay cả trước khi tăng thuế. Goldman Sachs ước tính mức thuế mới đối với xuất khẩu ô tô chỉ 10% (Trump đã đe dọa 25%), sẽ cắt giảm tổng sản phẩm quốc nội của Nhật Bản hơn 0,2 điểm phần trăm. Các chính trị gia của phe đối lập đã chỉ trích Thủ tướng Abe vì đã mở cửa thị trường nông sản Nhật Bản mà không có văn bản đảm bảo về việc thuế quan ô tô sẽ không xảy ra. Thỏa thuận ban đầu không có rào cản thấp hơn bảo vệ nông dân trồng lúa Nhật Bản. Đó là một sự khác biệt đáng kể với thỏa thuận TPP ban đầu.
Chính quyền Trump đã háo hức thực hiện một thỏa thuận với Nhật Bản để giúp đỡ nông dân Mỹ là những người gần như đã ra khỏi thị trường Trung Quốc do hậu quả của cuộc chiến thương mại Mỹ-Trung. Vào tháng 5, Tổng thống Trump đã trì hoãn quyết định áp thuế ô tô nhập khẩu cho đến tháng 11, tìm cách sử dụng nó làm đòn bẩy, nhưng đến nay thời hạn đã hết. Các bang nông nghiệp là lực lượng ủng hộ quan trọng cho Trump vào năm 2016, và khi chuẩn bị cho sự tái đắc cử vào năm 2020, ông Trump sẽ phải đối mặt với các câu hỏi về việc tái cân bằng các mối quan hệ thương mại của Mỹ, một chiến dịch lớn. Hiện tại, vẫn còn sự phản đối trong quốc hội Mỹ về việc phê chuẩn thỏa thuận Mỹ-Mexico-Canada. Cuộc đàm phán với EU vẫn còn khá xa. Trong khi đó, cuộc chiến thương mại với Trung Quốc đã và đang làm tổn thương cả hai bên.
