Theo UBND TP HCM, quy mô nút giao An Phú, gồm hầm chui hai chiều kết nối đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ theo hướng đi về hầm vượt sông Sài Gòn và ngược lại.
Xây cầu vượt qua đường Mai Chí Thọ theo hướng kết nối hai chiều giữa đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây và đường Lương Định Của.
Dự án sẽ phân kỳ đầu tư thành hai giai đoạn. Trong đó, giai đoạn 1 đầu tư xây dựng hầm chui hai chiều (4 làn xe) kết nối đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây với đường Mai Chí Thọ, theo hướng về hầm vượt sông Sài Gòn (hầm Thủ Thiêm) và ngược lại, với tổng mức đầu tư dự kiến hơn 1.000 tỷ đồng.
UBND TP HCM cũng kiến nghị Bộ Giao thông chấp thuận cho thành phố tổ chức thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư xây dựng nút giao An Phú, giai đoạn 1 và bàn giao hồ sơ dự án cho Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) triển khai giai đoạn tiếp theo bằng nguồn vốn dư của dự án đường cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây.
Nhằm tạo thuận lợi cho công tác quản lý khai thác và điều tiết giao thông khi triển khai phương án cho xe máy lưu thông lên đoạn đường dẫn cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây, thành phố cũng kiến nghị Bộ Giao thông được quản lý đoạn này (đoạn 4 km từ nút giao An Phú đến Vành đai 2).