So với các loại tiêm kích mang đầy vũ khí, máy bay E-6 Mercury trông có vẻ vô hại, bởi nó không được trang bị bất kỳ vũ khí nào. Tuy nhiên, đây lại là một trong những phi cơ quan trọng nhất của quân đội Mỹ, đóng vai trò là sở chỉ huy di động, có nhiệm vụ ra lệnh khai hỏa kho tên lửa hạt nhân của nước này, theo National Interest.
Chuyên gia quân sự Sebastien Roblin cho rằng nhiệm vụ cơ bản của E-6 là duy trì liên lạc thông suốt giữa người ra quyết định phản công và các hệ thống triển khai vũ khí hạt nhân chiến lược Mỹ (TACAMO), nhất là khi các trung tâm chỉ huy mặt đất bị hủy diệt trong đòn hạt nhân phủ đầu của đối phương.
Trước khi Mỹ phát triển E-6, nhiệm vụ TACAMO do trạm tiếp sóng mặt đất và biến thể EC-130G/Q Hercules phụ trách. Tuy nhiên, điểm yếu của hệ thống TACAMO này là chúng được đặt ở những vị trí cố định trên mặt đất, rất dễ bị phá hủy trong các đòn tấn công hạt nhân phủ đầu, khiến Mỹ mất khả năng thực hiện đòn trả đũa.
Loạt 6 chiếc E-6A Mercury đầu tiên được biên chế trong giai đoạn 1989-1992. Đây là những biến thể quân sự cuối cùng của dòng máy bay chở khách Boeing 707. Được trang bị 31 ăng ten liên lạc, nhiệm vụ ban đầu của E-6A là liên lạc với các tàu ngầm của hải quân Mỹ. Sau khi lắp động cơ CFM-56 và thùng nhiên liệu lớn hơn, E-6A có thể ở trên không tới 15 giờ liên tục hoặc 72 giờ khi được tiếp liệu.
Để sử dụng kênh liên lạc tần số cực thấp (VLF), E-6 phải bay liên tục theo quỹ đạo tròn ở độ cao lớn, kéo theo dây ăng ten dài 2-8 km. Mệnh lệnh phát động đòn trả đũa hạt nhân từ tổng thống Mỹ sẽ được truyền bằng tín hiệu VLF qua chiếc máy bay này đến các tàu ngầm mang tên lửa đạn đạo lớp Ohio ẩn mình cách đó hàng nghìn km.
Băng thông của bộ truyền VLF rất hạn chế, chúng chỉ có thể gửi dữ liệu thô chứa 35 ký tự/giây, chậm hơn rất nhiều so với modem Internet 14K trong thập niên 1990. Dù vậy, tốc độ truyền này vẫn đủ để gửi Thông điệp hành động khẩn cấp (EAM), ra lệnh cho tàu ngầm tiến hành phương án tấn công hạt nhân theo kế hoạch. Các hệ thống điện tử trên E-6 cũng được gia cố để chịu xung điện từ phát ra từ vụ nổ hạt nhân.
Từ năm 1997 đến 2006, Lầu Năm Góc nâng cấp toàn bộ phi đội E-6A thành phiên bản E-6B, cho phép nó đóng vai trò kép, vừa là trạm duy trì liên lạc, vừa là trung tâm chỉ huy phản công độc lập. Chúng là lực lượng dự phòng cho sở chỉ huy trên không cỡ lớn E-4 Nightwatch.
Phiên bản E-6B sở hữu bộ liên lạc radio siêu cao tần, có khả năng khai hỏa tên lửa đạn đạo trong các hầm chứa từ xa. Nhiệm vụ này trước đó do máy bay EC-135 Looking Glass của không quân Mỹ đảm nhận. Phi hành đoàn E-6B tăng từ 14 lên 22 người trong các nhiệm vụ chỉ huy trên không, với sự có mặt của một đô đốc hoặc sĩ quan cấp tướng.
E-6B có thể truy cập mạng lưới liên lạc vệ tinh MILSTAR, trong khi buồng lái được nâng cấp với hệ thống điện tử mới và trang bị từ máy bay chở khách Boeing 737NG. Điểm nổi bật của biến thể E-6B là chúng có các khối thiết bị (pod) bổ sung gắn trên cánh.
Bộ liên lạc đa năng trên E-6 Mercury giúp nó thực hiện tốt nhiệm vụ Liên lạc, Chỉ huy và Kiểm soát (C3) phi hạt nhân. Chúng nhiều lần được triển khai đến châu Âu và Trung Đông để làm trung tâm C3 trên không. Hải quân Mỹ có hai phi đội vận hành máy bay E-6, gồm VQ-3 "Người sắt" và VQ-4 "Bóng ma" đều thuộc biên chế của Không đoàn Liên lạc Chiến lược Hải quân số 1.
Quân đội Mỹ duy trì ít nhất một chiếc E-6 thường xuyên trực chiến trên không ở mọi thời điểm. Chúng thường bay vòng tròn trên biển ở tốc độ thấp nhất trong thời gian tới 10 giờ. Những máy bay E-6 đóng vai trò sở chỉ huy hạt nhân thường trực chiến gần căn cứ không quân ở bang Nebraska, Mỹ.
E-6 là thành tố then chốt trong lực lượng răn đe hạt nhân Mỹ, bảo đảm khả năng đáp trả hạt nhân trong trường hợp Mỹ bị tấn công phủ đầu, khiến các đối thủ tiềm tàng không thể hành động liều lĩnh, chuyên gia Roblin nhấn mạnh.
