Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật của Quốc hội Hoàng Thanh Tùng nhấn mạnh, để thực hiện có hiệu quả quy định này, đề nghị xác định rõ cơ chế phối hợp giữa các Bộ, ngành với chính quyền thành phố Hà Nội khi xây dựng dự án luật, dự thảo nghị quyết của Quốc hội, vai trò của chính quyền thành phố Hà Nội và cơ chế xử lý trong trường hợp giữa Bộ, ngành và chính quyền Thành phố.
Có ý kiến đề nghị bổ sung trách nhiệm của chính quyền TP. Hà Nội và Đoàn đại biểu Quốc hội Thành phố trong việc theo sát quá trình các cơ quan xây dựng văn bản để có kiến nghị kịp thời. Ý kiến khác đề nghị bổ sung quy định trong trường hợp cần thiết, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét, quyết định việc áp dụng pháp luật đối với các chính sách liên quan đến Thủ đô.
Về chế độ tiền lương, thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức Thủ đô (Điều 18), có ý kiến đề nghị Chính phủ cân nhắc việc quy định chế độ tiền lương, thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức Thủ đô trong dự thảo Luật vì Nghị quyết số 27-NQ/TW đặt ra yêu cầu chỉ thực hiện thí điểm cơ chế chi thu nhập bình quân tăng thêm đối với một số địa phương đã tự cân đối được ngân sách, do đó, nội dung này cần được tổng kết, đánh giá trước khi luật hóa để áp dụng ổn định, lâu dài. Có ý kiến đề nghị làm rõ nguồn kinh phí để bảo đảm thực hiện chế độ tiền lương, thu nhập tăng thêm vì phạm vi đối tượng thụ hưởng rất lớn.
Về phát triển đô thị theo định hướng giao thông công cộng (TOD) (Điều 39), đa số ý kiến tán thành với đề xuất như trong dự thảo Luật để tạo thêm nguồn lực cho phát triển Thủ đô. Có ý kiến đề nghị nội dung này cần được đánh giá kỹ lưỡng, thận trọng trước khi quy định trong Luật bởi hiện nay pháp luật về đất đai không cho phép thu hồi đất mà không gắn với đầu tư dự án trên phạm vi đất được thu hồi, hơn nữa, việc phát triển TOD hiện nay mới chỉ được thí điểm ở một số khu vực tại TP.HCM.
Về vùng Thủ đô (Điều 46), có ý kiến cho rằng việc xác định vùng Thủ đô trong dự thảo Luật đang có sự đan xen, chồng lấn với phạm vi của một số vùng phát triển kinh tế - xã hội hiện có.
Để bảo đảm tính khả thi, dự thảo Luật cần tập trung quy định về mối quan hệ liên kết giữa Thủ đô với chính quyền địa phương của các tỉnh giáp ranh nhằm xây dựng cơ chế phối hợp, giải quyết các nội dung liên quan đến nhiều địa phương. Bên cạnh đó, cũng cần cho phép các địa phương có quan hệ liên kết vùng với Thủ đô được áp dụng một số chính sách đặc thù như thành phố Hà Nội để bảo đảm hỗ trợ phát triển Thủ đô một cách thuận lợi, có hiệu quả...
