Trong giai đoạn từ năm 1996–2001, tổ chức khủng bố Al-Qaeda đã chọn Afghanistan làm nơi ẩn náu để lên kế hoạch tấn công nước Mỹ, nhờ sự tiếp tay của chính quyền Taliban.
Al-Qaeda sau đó đã buộc phải chạy trốn khỏi Afghanistan sau khi quân đội Mỹ lật đổ chính quyền Taliban vào năm 2001, nhưng đã dần dần phát triển lớn mạnh trở lại. Tổ chức này đã không còn nơi trú ẩn cố định như vào khoảng 20 năm trước. Thay vào đó, Al-Qaeda lại phân bổ 200-500 tay súng hoạt động rải rác tại nhiều quốc gia Tây Á và Trung Á.
Kể từ khi nắm quyền lãnh đạo tổ chức Al-Qaeda vào năm 2011 sau cái chết của Osama bin Laden, trùm khủng bố Ayman al-Zawahiri đã tránh thực hiện các cuộc tấn công chống lại phương Tây, thay vào đó là tập trung vào việc thiết lập, củng cố sự hiện diện ở những quốc gia như Somalia, Yemen, Syria.
Một nhánh của tổ chức khủng bố Al-Qaeda ở khu vực Nam Á đã được thành lập với các phần tử người Pakistan, Ấn Độ và Bangladesh vào năm 2014. Theo các cơ quan tình báo của Liên Hợp Quốc (LHQ) cho biết, nhánh mới của Al-Qaeda đã hỗ trợ lực lượng Taliban chiến đấu tại Afghanistan, hai bên được xem là có "quan hệ vô cùng mật thiết”.
Năm 2015, tổ chức khủng bố IS đã thành lập một chi nhánh hoạt động tại khu vực Khorasan (trải rộng trên lãnh thổ Iran, Afghanistan, và nhiều nước Trung Á) mang tên ISKP, nhằm mục đích mở rộng phạm vi kiểm soát từ Iraq và Syria về phía đông.
Nhưng những nỗ lực ấy đã không thành công. Lực lượng Taliban đã chiến đấu chống lại ISKP nhằm phản đối sự bành trướng của IS tại khu vực. Chiến dịch mở rộng địa bàn của ISKP dù diễn ra với tốc độ chớp nhoáng và đã đạt được những thành quả ban đầu, nhưng sau cùng cũng đã bị Taliban dập tắt.
Nhưng trong những tháng gần đây, ISKP đang tiến hành một làn sóng nổi dậy thứ hai, thực hiện hàng loạt các hành động khủng bố giết người hết sức tàn bạo. Trong 4 tháng đầu năm 2021, Phái đoàn Hỗ trợ của LHQ tại Afghanistan (UNAMA) đã ghi nhận 77 vụ tấn công do ISKP chủ mưu.
Nhóm này thường nhắm vào các mục tiêu như: người Hồi giáo dòng Shia, phụ nữ, người nước ngoài, cũng như cơ sở hạ tầng dân sự và quân sự.
Không giống như Al-Qaeda, ISKP từng tuyên bố sẽ thực hiện các cuộc tấn công nhằm chống lại “kẻ thù” ở phương Tây. Nhưng đó dường như không còn là ưu tiên hàng đầu của nhóm này, mà thay vào đó là “kẻ thù gần hơn” – lực lượng Taliban, trong bối cảnh mà chính phủ Afghanistan đã sụp đổ và quân đội Mỹ đã rời đi.
Taliban có thể cố gắng sử dụng mọi nguồn lực để ngăn chặn các vụ tấn công của ISKP, nhưng sẽ không thể kiểm soát mọi ngóc ngách tại Afghanistan – quốc gia có diện tích rộng lớn và địa hình hiểm trở, đặc biệt là trong thời điểm nhiều khu vực vẫn còn bị cai trị bởi các nhóm quân phiệt địa phương.
Trong khi đó, các phe phái Hồi giáo khác tại Afghanistan dù không gây ra những mối đe dọa lớn, nhưng vẫn sẽ khiến các lãnh đạo Taliban phải đau đầu theo dõi. Theo số liệu ước tính từ LHQ, có khoảng 8.000–10.000 người nước ngoài hiện đang sở hữu vũ khí ở Afghanistan.
Trong những tập kỷ qua, nhiều phần tử tham gia các vụ tấn công khủng bố ở châu Âu và các khu vực khác đều đã được huấn luyện tại Pakistan – quốc gia có đường biên giới kéo dài với Afghanistan.
Vì vậy, Taliban luôn cố gắng kiểm soát, thậm chí là hạn chế tối đa sự hiện diện của "những tay súng nước ngoài", nhưng việc ngăn chặn hoàn toàn sự xâm nhập của những đối tượng này là bất khả thi.
Mặc dù Taliban đã thu phục “tàn dư” của hầu hết các nhóm Hồi giáo cực đoan hoạt động ở phía bắc Afghanistan, và thậm chí còn thiết lập một số căn cứ tại khu vực biên giới, nhưng lực lượng này vẫn đang phải đối mặt với sự tồn tại của Phong trào Hồi giáo Đông Turkistan, bao gồm những người Duy Ngô Nhĩ đào tẩu khỏi khu tự trị Tân Cương của Trung Quốc.
Điều đáng lo ngại nhất có lẽ là sự kết hợp giữa các nhóm phiến quân người Pakistan có căn cứ tại miền đông Afghanistan. Những lực lượng này gần như chỉ tập trung tranh giành quyền lực tại một số địa phương, nhưng một số nhóm vẫn thường tiến hành các vụ bạo lực vô cùng tàn khốc.
Tất cả các phe nhóm hiện đang hoạt động tại Afghanistan đa phần đều theo hệ tư tưởng cực đoan, được các nhà phân tích gọi là “chủ nghĩa thánh chiến Salaf” – các nhóm Hồi giáo dòng Sunni cực đoan hoạt động ở Vùng Vịnh với niềm tin rằng nhiệm vụ của mỗi tín đồ Hồi giáo là chiến đấu để chống lại "chế độ chuyên chế”.
Tư tưởng này hoàn toàn trái ngược với các truyền thống lâu đời của đạo Hồi ở Afghanistan, và thậm chí là với trường phái tư tưởng của phong trào Taliban.
Các nhà quan sát nhận định rằng dù có đổ máu, có thất bại trong một số cuộc chiến, nhưng những thành công có được của IS ở Syria và Iraq vẫn sẽ khiến cho một số người trẻ Afghanistan bị ảnh hưởng tư tưởng của chủ nghĩa thánh chiến Salaf.
Nếu như lên nắm quyền tại Afghanistan, phong trào Taliban dường như sẽ phải đối mặt với những mối đe doạ đến từ nhiều phía, không chỉ những người ủng hộ chính phủ do phương Tây hậu thuẫn, mà còn cả những nhóm phiến quân trong nước.
