Theo Bộ NN&PTNT, năm 2010, Thủ tướng đã có quyết định 742 về phê duyệt quy hoạch hệ thống khu bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020.
Bộ NN&PTNT đã quy hoạch chi tiết khu bảo tồn Hòn Mê (Thanh Hóa), Nam Yết (Khánh Hòa), Phú Quý (Bình Thuận) và bàn giao hồ sơ cho Sở NN&PTNT Thanh Hóa (tháng 12/2013), Khánh Hòa (tháng 12/2015) và Bình Thuận (tháng 12/2015) để trình các cấp thẩm quyền phê duyệt thành lập theo đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên, đến nay, các khu bảo tồn biển nêu trên vẫn chưa được phê duyệt thành lập.
Bộ NN&PTNT đề nghị UBND tỉnh nói trên rà soát, hoàn thiện hồ sơ trình cấp có thẩm quyền phê duyệt, đưa các khu bảo tồn biển nói trên vào hoạt động trong năm 2018.
Trong thời gian chờ phê duyệt thành lập, không giao diện tích đảo, mặt nước thuộc phạm vi khu bảo tồn biển được quy hoạch cho các tổ chức, cá nhân để triển khai các dự án, các hoạt động xâm hại bảo tồn biển. Các vấn đề khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai, địa phương liên hệ với Bộ để giải quyết, tháo gỡ.
Mới đây, Bộ NN&PTNT đã có ý kiến không đồng ý với đề nghị nhận chìm 1 triệu m3 bùn, cát xuống biển của Nhà máy Nhiệt điện Vĩnh Tân 3, là “vật chất nạo vét” từ dự án nạo vét cảng Vĩnh Tân của nhà máy này, khi không đảm bảo được các quy định hiện hành.
Điều đáng nói, để lý khối lượng bùn cát khổng lồ này, chủ dự án đề nghị được nhận chìm tại khu vực biển Vĩnh Tân trên diện tích 300ha, nơi được xác định là cách Khu bảo tồn Hòn Cau chỉ có 6km và cách vị trí mà dự án Nhà máy Nhiệt điện Vĩnh Tân 1 từng xin nhận chìm chỉ khoảng 5km.
Theo Bộ NN&PTNT, vị trí được xác định để đổ vật liệu nạo vét mà chủ dự án nêu ra là không đảm bảo yêu cầu quy định tại khoản 4 Điều 57 Luật Tài nguyên môi trường biển và hải đảo.
Vì vị trí này có khoảng cách quá gần khu bảo tồn biển Hòn Cau, có thể gây tác động xấu đến môi trường, hệ sinh thái biển tại khu vực này, đặc biệt là đối với khu bảo tồn biển Hòn Cau và các cơ sở sản xuất giống thủy sản.
Trươc đó, năm 2016, Bộ NN&PTNT cũng bác đề xuất của tỉnh Bình Thuận, liên quan đề việc “xén” bớt trên 1.000 ha khu bảo tồn biển Hòn Cau, nhằm nhường lại diện tích cho các nhà máy nhiệt điện ở Vĩnh Tân.
