Trải qua thời gian dài với những biến cố của lịch sử, khí hậu khắc nghiệt và tác động của con người, đình Trung Yên bị xuống cấp, tường mục, vỡ, khả năng chịu lực kém. Ngoài ra, mặt bằng tầng 1 của đình có 3 hộ dân sinh sống. Trước thực trạng này, với chủ trương bảo tồn, phát huy giá trị di sản văn hóa gắn với thúc đẩy phát triển du lịch, quận Hoàn Kiếm đã tập trung giải phóng mặt bằng, trùng tu, tôn tạo đình từ nguồn vốn ngân sách và xã hội hóa.
Đến nay, công trình đã hoàn thành sau một năm triển khai tu bổ với diện tích 70,5m2. Trong quá trình trùng tu đình Trung Yên, chủ đầu tư cùng các nhà thầu đã thực hiện tốt công tác bảo tồn các giá trị di sản văn hóa vật thể, phi vật thể của di tích theo đúng các quy định của Luật Di sản văn hóa. Hiện nay, toàn bộ nơi thờ chính tại đình Trung Yên ở trên tầng 2, tầng 1 là nơi sinh hoạt của cộng đồng khu dân cư. Ba hộ dân sinh sống tại không gian tầng 1 đã được chuyển tới nơi ở mới.
Việc bảo tồn được một di tích như đình Trung Yên góp phần thúc đẩy phát triển về văn hóa, du lịch và nâng cao đời sống văn hoá tinh thần cho nhân dân địa phương trong khu Phố cổ nói riêng và Hà Nội nói chung. Đình Trung Yên gắn liền với các di tích khác như: Đền Ngọc Sơn, đền Bạch Mã, đình Kim Ngân, đình Thanh Hà, chùa Vĩnh Trù, đền Hương Tượng… tạo ra tuyến tham quan liên hoàn hấp dẫn du khách trong hành trình tìm hiểu về Hà Nội xưa.
Theo Phó Chủ tịch UBND quận Hoàn Kiếm Nguyễn Quốc Hoàn, công tác bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa luôn được quận Hoàn Kiếm quan tâm, gắn với việc phát triển kinh tế, du lịch. Xác định vị trí quan trọng của Di tích lịch sử văn hóa đình Trung Yên gắn với quần thể các di tích trong khu vực phụ cận hồ Hoàn Kiếm, quận Hoàn Kiếm đã tập trung nguồn lực giải phóng mặt bằng, tu bổ, tôn tạo. Sau thời gian hoàn thành, di tích được quận lựa chọn là công trình kỷ niệm 75 năm Ngày Chủ tịch Hồ Chí Minh ra Lời kêu gọi Thi đua ái quốc. Đây là công trình có ý nghĩa nhằm lưu giữ di sản cho thế hệ mai sau, góp phần bảo tồn giá trị văn hóa lịch sử, đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng của nhân dân, đồng thời trở thành điểm tham quan của du khách khi đến thăm Hà Nội.
Đình Trung Yên thờ một vị thần thiêng phò tá triều Mạc là một bậc quan Tiến sỹ (ông Mỗ). Đình đã được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch xếp hạng Di tích kiến trúc nghệ thuật theo Quyết định số 07/2008/QĐ-BVHTTDL ngày 26/02/2008. Đình Trung Yên nằm trong khu dân cư đông đúc, được xây dựng theo hướng Nam trên một mặt bằng hình ống, kiểu mặt bằng đặc trưng của kiến trúc phố cổ Hà Nội. Mặc dù quy mô không lớn nhưng đình lại có ý nghĩa về mặt lịch sử, văn hóa, kiến trúc Phố cổ Hà Nội, bảo lưu được những nét mang phong cách nghệ thuật dân gian truyền thống.
