Theo ông Kiều Đinh Sơn, Giám đốc Bảo tàng Quảng Ninh, Tháp Huệ Quang (chùa Hoa Yên) được dựng lại vào thời Lê Trung hưng trên nền tháp cũ, sau khi tòa tháp được xây dựng dưới thời Trần sập đổ. Khi dựng lại tháp, người xưa đã sử dụng một số cấu kiện tháp của thời trước, "thấy rõ nhất là những cấu kiện góc mái, bệ sen và đế tháp với trang trí hoa sen dây, tàu mái trang trí hình rồng thời Trần"
Ông Sơn cho hay đá xây dựng tháp có hai loại, đều được sử dụng ở thời Trần và thời Lê Trung hưng, được phân biệt qua các hoa văn trang trí trên đá mang nét đặc thù của mỗi thời. Còn pho tượng Phật Hoàng Trần Nhân Tông được tạc thủ công, bằng đá xanh, có cùng nguồn gốc, thành phần khoáng vật và hoá học với loại đá xanh xây tháp thời Trần.
Tuy vậy, tượng không phải được tạo tác từ thời Trần mà là thời Lê Trung hưng căn cứ vào kỹ thuật, kích thước, phong cách trang trí trên tượng. Đây là một điển hình mẫu mực trong nghệ thuật điêu khắc tượng Phật Đại Việt thế kỷ 17.
Ông Kiều Đình Sơn nhận định, để làm được điều đó, nghệ nhân đã sử dụng phương pháp mài và đánh bóng bằng cát, nước và bàn mài. Ngay cả các vị trí hoa văn với các đường nét nhỏ, phạm vi hẹp cũng được mài nhẵn.
Hiện còn hai bộ Tam Tổ Trúc Lâm (ba vị tổ thiền phái trúc lâm) đầy đủ và cổ nhất tại chùa Phổ Minh (Nam Định) và tại chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang), đều được tạo dựng trong khoảng thế kỷ 17 - 18, làm bằng gỗ và được sơn thếp.
Tuy nhiên, tượng Phật Hoàng Trần Nhân Tông ở chùa Phổ Minh được tạc theo thế sư tử nằm, mô tả khoảnh khắc ngài nhập niết bàn, còn tượng tại chùa Vĩnh Nghiêm thì thể hiện ngài trong tư thế tọa thiền ở thế buông thư trên bệ vuông, thân khoác y cửu điều, tay phải lần tràng hạt.
Ngoài ra, khảo cổ học cũng phát hiện hai pho tượng bằng đá tại khu nhà tổ chùa Hồ Thiên (Đông Triều, Quảng Ninh), trong đó có một pho được cho là tượng Phật Hoàng lại được tạc ở tư thế tọa thiền trên đài sen, hai tay bắt ấn tam muội, thân khoác y cửu điều.
"Qua so sánh cho thấy, tượng Phật Hoàng Trần Nhân Tông tại tháp Huệ Quang, Yên Tử là độc bản, cũng là pho tượng cổ nhất về ngài, không trùng lặp với bất kỳ pho tượng nào khác về cả tư thế, pháp phục, họa tiết trang trí và thậm chí là cả hình tướng", ông Sơn nói.
