Ban Quản lý Di sản thế giới Vịnh Hạ Long - Yên Tử trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh, trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý Vịnh Hạ Long, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Bái Tử Long trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh và Ban Quản lý Di tích và Danh thắng trực thuộc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Ninh.
Đây là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh, có chức năng tham mưu giúp UBND tỉnh thực hiện công tác quản lý, bảo vệ, bảo tồn, nghiên cứu khoa học, tu bổ, tôn tạo, phục hồi và phát huy, khai thác các giá trị về cảnh quan tự nhiên, văn hóa, lịch sử, địa chất địa mạo, đa dạng sinh học; tổ chức các hoạt động du lịch, dịch vụ tại khu vực Di sản thiên nhiên thế giới Vịnh Hạ Long, Di sản văn hóa thế giới Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc thuộc tỉnh Quảng Ninh (bao gồm Quần thể di tích và danh thắng đặc biệt Yên Tử, Khu di tích đặc biệt nhà Trần, Cụm di tích lịch sử quốc gia đặc biệt Bạch Đằng) và Vườn Quốc gia Bái Tử Long - Vườn Di sản ASEAN.
Ban Quản lý có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, hoạt động theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý, tổ chức hoạt động của UBND tỉnh Quảng Ninh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ của các Bộ: Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Nông nghiệp và Môi trường, Ngoại giao; Ủy ban Quốc gia UNESCO Việt Nam và các cơ quan có liên quan.
Ban Quản lý Di sản thế giới Vịnh Hạ Long - Yên Tử có Trưởng ban, Phó Trưởng ban (số lượng Phó Trưởng ban thực hiện theo quy định của pháp luật), có 10 phòng chuyên môn, nghiệp vụ và tương đương.
Việc hợp nhất các ban quản lý di tích, di sản để thành lập Ban Quản lý Di sản thế giới Vịnh Hạ Long - Yên Tử nhằm tạo sức mạnh tổng hợp, thống nhất trong công tác quản lý, bảo tồn, phát huy giá trị các danh thắng, di tích và Di sản thiên nhiên thế giới trên địa bàn.
Trước đó, ngày 1/7/2025, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Ninh đã công bố quyết định thành lập Ban Quản lý Di tích và Danh thắng trên cơ sở hợp nhất các Ban Quản lý Khu di tích nhà Trần, Ban Quản lý Di tích và Rừng quốc gia Yên Tử, Ban Quản lý Di tích lịch sử quốc gia đặc biệt Bạch Đằng.