UBND thành phố Huế đã chỉ đạo các đơn vị, triển khai tổ chức thực hiện phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư các hộ dân bị ảnh hưởng bởi dự án trước ngày 30/9/2025. Dự án giai đoạn 2 (điều chỉnh chủ trương đầu tư tháng 12/2024), thực hiện từ năm 2024 - 2025, có tổng mức đầu tư trên 367 tỷ đồng, nhằm di dời khoảng 744 hộ dân (264 hộ chính, 480 hộ phụ), giải phóng mặt bằng 44,4ha thuộc phạm vi các di tích (16 khu vực) gồm: Hổ Quyền, Voi Ré, Chùa Thiên Mụ, Văn Miếu - Võ Miếu, Lăng Minh Mạng, Lăng Thiệu Trị, Lăng Dục Đức, Lăng Đồng Khánh, Lăng Khải Định, Lăng Gia Long, Lăng Trường Cơ, Lăng Cơ Thánh, Trấn Hải Thành, Lăng Vạn Vạn, Đàn Âm Hồn, Quốc Tử Giám. Dự án cũng thực hiện di dời 31 công trình chiến đấu trong khu vực Kinh thành Huế và 9 công trình chiến đấu ở khu vực di tích Trấn Hải Thành và Văn Miếu - Võ Miếu.
Đến tháng 8/2025, dự án giai đoạn 2 đã hoàn thành đo đạc các khu vực. Cơ quan chức năng đã ban hành thông báo thu hồi đất và thực hiện công tác kiểm kê tại nhiều khu vực thực hiện dự án. Đối với di dời 31 công trình chiến đấu (phần lớn là lô cốt) trong khu vực Kinh thành Huế và 9 công trình chiến đấu ở khu vực di tích Trấn Hải Thành và Văn Miếu - Võ Miếu, Ban quản lý Dự án đầu tư xây dựng khu vực 1 đang phối hợp với Bộ Chỉ huy Quân sự thành phố Huế, thực hiện các thủ tục để triển khai. Các công trình này do quân đội Mỹ xây dựng từ năm 1957-1975, đến nay hầu như không còn sử dụng và gây ảnh hưởng đến di tích, không phải là một phần của di tích gốc Kinh thành Huế, không nằm trong danh sách hạng mục được UNESCO công nhận là di sản văn thế giới.
Dự án giai đoạn 1 (2019 - 2023), thành phố Huế đã triển khai cơ bản việc di dời dân cư, giải phóng mặt bằng phạm vi di tích Kinh thành Huế gồm 11 khu vực với hơn 5.000 hộ dân ở Thượng Thành, các Eo Bầu, Hộ Thành Hào và Tuyến Phòng Lộ, Trấn Bình Đài, Hồ Tịnh Tâm, Đàn Xã Tắc, các tuyến đường tiếp giáp Bộ Chỉ huy Quân sự thành phố Huế, Hồ Học Hải, Khâm Thiên Giám, Xiển Võ Từ, Lục Bộ tại Thượng Thư Đường Bộ Công. Thành phố đã hoàn thành xây dựng 10 khu tái định cư với tổng diện tích gần 83ha để bố trí, sắp xếp chỗ ở mới cho các hộ dân phải di dời theo quy định.
