Cụ thể, với Quỹ Dự trữ tài chính, số dư đầu năm của Quỹ Dự trữ tài chính trung ương là 2.347 tỷ đồng, số bổ sung trong năm là 28,6 tỷ đồng (lãi tiền gửi), số dư cuối kỳ là 2.376 tỷ đồng, bằng 0,14% dự toán chi ngân sách trung ương năm 2019, nhỏ hơn rất nhiều so với mức khống chế tối đa theo quy định, khó đáp ứng xử lý cân đối ngân sách theo quy định.
Việc trích lập Quỹ Dự trữ tài chính địa phương chưa đảm bảo 50% kết dư ngân sách cấp tỉnh theo quy định (TP Cần Thơ 118,7 tỷ đồng, Kiên Giang 178,8 tỷ đồng, Tiền Giang 123 tỷ đồng, Trà Vinh 82 tỷ đồng).
Có trường hợp cho tạm ứng từ năm 2011, 2012 và Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị nhưng đến thời điểm kiểm toán vẫn chưa thu hồi được (TP Hà Nội tạm ứng cho Công ty Minh Hiền 6,8 tỷ đồng).
Đối với Quỹ Hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp, một số địa phương chưa nộp về Quỹ khoản thu từ bán vốn cổ phần thuộc sở hữu nhà nước (Thái Nguyên, Hà Tĩnh, Ninh Thuận); chưa nộp trả về Quỹ số dư còn tồn tại Quỹ địa phương (tỉnh Long An).
Đối với Quỹ Phát triển đất, một số địa phương chưa trích hoặc trích lập quỹ chưa đủ theo quy định của HĐND (Đồng Nai, Tuyên Quang, Trà Vinh, Lào Cai, Bến Tre), tạm ứng cho dự án không đúng quy định (Trà Vinh tạm ứng cho Trung tâm phát triển quỹ đất để thanh toán giá trị thực hiện hoàn thành dự án Tuyến số 01 đường nội ô thành phố Trà Vinh 71 tỷ đồng chưa phù hợp với tiết a Khoản 1 Điều 11 quy chế mẫu ban hành kèm theo Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg; Thái Bình ứng vốn 6,3 tỷ đồng cho Trung tâm phát triển quỹ đất Sở Tài nguyên và Môi trường thanh toán giá trị còn lại trên diện tích đất thu hồi chưa phù hợp với quy định).
Một số địa phương tạm ứng quá hạn thanh toán nhưng chưa nộp trả Quỹ (Lào Cai 413 tỷ đồng; Nam Định 161,2 tỷ đồng; Yên Bái 21 tỷ đồng); địa phương quy định quy chế tạm ứng của Quỹ không phù hợp quy định tại Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg dẫn đến cho tạm ứng một số dự án ngoài danh mục (Quảng Bình).
Đối với Quỹ Đầu tư phát triển, có trường hợp ứng vốn cho dự án khi kế hoạch vốn chưa được UBND phê duyệt, không có trong danh mục kế hoạch ứng vốn được duyệt (tỉnh Bắc Giang); cho vay, tạm ứng kéo dài từ năm và Kiểm toán Nhà nước đã có kiến nghị nhưng đến thời điểm kiểm toán chưa thu hồi (tỉnh Tuyên Quang); cho vay không đúng đối tượng theo quy định (tỉnh Long An); ký hợp đồng thiếu bảo lãnh tạm ứng vốn, chậm thu hồi thanh toán tạm ứng (tỉnh Thái Bình: Ký hợp đồng cung ứng xi măng để xây dựng nông thôn mới chưa quy định về bảo lãnh tạm ứng và đơn vị chưa cung cấp bảo lãnh tạm ứng vốn cho Quỹ Đầu tư phát triển, đến ngày 18/3/2020 toàn bộ các huyện, thành phố đã hoàn thành việc xây dựng nông thôn mới nhưng Quỹ chưa thu hồi số kinh phí đã thanh toán, tạm ứng vượt khối lượng xi măng bên bán cung cấp, số tiền 174,5 tỷ đồng).
