Địa điểm khảo cổ này được phát hiện trong quá trình xây dựng các hầm chứa ngũ cốc vào năm 1976, khi một chiếc máy ủi đã làm lộ ra một cấu trúc xây dựng bằng đất sét. Các cuộc khai quật đã được nối lại vào năm 1989 và vẫn đang tiếp tục kể từ thời điểm đó.
Bên dưới các lớp tro núi lửa, có thể tìm thấy các di tích kiến trúc bao gồm các tòa nhà dân sự, tôn giáo và hộ gia đình. Đến nay, tổng cộng 18 cấu trúc đã được xác định và 10 cấu trúc đã được khai quật hoàn toàn hoặc một phần. Tất cả các cấu trúc được làm bằng đất và các tính năng quan trọng như mái tranh và đồ tạo tác được tìm thấy tại chỗ đã được phục hồi.
Các cấu trúc khai quật bao gồm một tòa nhà cộng đồng lớn (công cộng) ở bên cạnh quảng trường, hai ngôi nhà ở, ba nhà kho (một trong quá trình được tu sửa lại), một nhà bếp và nhà tắm hơi. Ở phía đông bắc của quảng trường có một tòa nhà tôn giáo dành cho các lễ hội chung và là nơi pháp sư thực hành nghi lễ. Đất xây dựng Rammed được sử dụng cho các tòa nhà công cộng và phòng tắm hơi, các cọc và vách đất (có khả năng chống động đất cao) cho các công trình gia đình.
Tại đây cũng phát hiện được các vật liệu hữu cơ, từ dụng cụ làm vườn và chậu chứa đầy đậu đến thảm ngủ, xác động vật và các vật phẩm tôn giáo và là một phần của cuộc sống và sinh hoạt hàng ngày của người dân. Những thứ này đã được bảo quản dưới dạng vật liệu carbon hóa hoặc dưới dạng phôi trong các mỏ tro. Một số cánh đồng trồng trọt và thảm thực vật khác cũng đã được phát hiện. Chúng bao gồm các cánh đồng chứa cây ngô non và trưởng thành, một khu vườn với nhiều loại thảo mộc và một khu vườn cây thùa sợi (agave). Nhiều loại cây ăn quả khác nhau, bao gồm cả ổi và cacao, cũng đã được tìm thấy.
Tổ chức Khoa học, Giáo dục và Văn hóa của Liên hiệp quốc UNESCO đã công nhận Khu Khảo cổ Joya de Cerén của Cộng hòa El Salvador là Di sản thế giới năm 1993.