Trả lời báo chí, Thứ trưởng Hoàng Minh Sơn khẳng định trước hết phải quan niệm đúng về tự chủ đại học. Đó là các trường được chủ động quyết định căn cứ theo quy định của pháp luật mà không phải thực hiện cơ chế xin - cho.
Tuy nhiên, tự do không có nghĩa không chịu sự ràng buộc mà phải trong khuôn khổ pháp luật. Một trường đại học chịu sự chi phối của nhiều luật, như luật đầu tư công, luật đấu thầu, luật quản lý ngân sách và nhiều luật khác nữa.
Bên cạnh đó, các trường cần thực hiện nguyên tắc dân chủ, công khai minh bạch và trách nhiệm giải trình trong hoạt động, giải trình không chỉ với xã hội mà với nội bộ, cán bộ sinh viên, người học và cơ quan quản lý nhà nước. Công khai, dân chủ là cơ chế để thực hiện trách nhiệm giải trình, đương nhiên như thế cần xây dựng tốt thiết chế Hội đồng trường.
ĐH Tôn Đức Thắng cũng có Hội đồng trường rất lâu rồi nhưng gần đây có xảy ra một số chuyện mà theo đánh giá của Thứ trưởng Hoàng Minh Sơn thì xuất phát từ hai điểm ông vừa nêu.
Nếu thực hiện công khai, dân chủ, nhìn nhận về tự chủ đại học đúng đắn hơn, đúng quy định của pháp luật, sẽ đảm bảo hoạt động của hệ thống. Các trường ngoài công lập, ngoài tính chất là trường đại học, còn là đơn vị sự nghiệp công lập nữa nên có những chi phối của nhiều luật, cần hết sức lưu tâm.
Quay trở lại câu chuyện cách chức hiệu trưởng ĐH Tôn Đức Thắng, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT cho rằng Luật Giáo dục đại học quy định về việc bầu, công nhận, bổ nhiệm, miễn nhiệm chứ không quy định cách chức, hình thức kỷ luật đối với một viên chức như hiệu trưởng, do đó, cần phải lưu ý điều này.
Ông cũng khẳng định Bộ GD&ĐT là cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục đại học. Các vấn đề liên quan nhân sự cần hỏi ý kiến cơ quan chủ quản liên quan (Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam, Bộ Nội vụ).
