Công trình kiến trúc Fuerte de Samaipata được xây dựng thời tiền Columbo bởi người Chane, một tộc người có nguồn gốc từ Arawak thuộc nền văn hóa Inca. Mặc dù được xây dựng với hình dáng kiến trúc giống như pháo đài, nhưng trên thực tế Fuerte de Samaipata lại là một địa điểm tôn giáo. Ngôi đền Fuerte de Samaipata là nơi diễn ra các nghi lễ tôn giáo, tâm linh trong suốt 3 thế kỷ từ thế kỷ 14 đến thế kỷ 16.
Di chỉ khảo cổ được chia thành 2 khu vực chính với cấu trúc khác nhau. Khu vực đầu tiên là một địa điểm khảo cổ vô cùng quan trọng. Khu vực này được đánh dấu bằng một tảng đá điêu khắc vĩ đại có chiều dài 250 mét, rộng 60 mét trải dài trên một diện tích tới 1,2 ha. Vị trí của khối đá này nằm trên ngọn đồi cao 1.950 mét so với mặt nước biển.
Đây là khối đá sa thạch vào loại lớn trên thế giới. Toàn bộ mặt khối đá được chạm khắc với các hình động vật, hình học, thiên văn học. Đặc biệt, vị trí khảo cổ có tên là El Cascabel là vị trí được người Inca đánh dấu để nghiên cứu về thiên văn.
Theo các nhà khoa học, khảo cổ, người Inca đã đánh dấu vị trí này và đặt những viên đá thành đường song song, từ vị trí chân của khối đá đã được sắp xếp đó khi mặt trời mọc vào ngày 20/8/1066, các nhà thiên văn người Inca cổ xưa có thể thấy hành tinh Sao Kim và Sao Mộc.
Không chỉ có vậy, các nhà khoa học còn tin rằng các hình khắc trên khối đã được sắp xếp này đã được người Inca khắc lên để kỷ niệm ngày Sao chổi Halley đi qua hồi tháng 3 năm 1066. Đây là những minh chứng cho sự tiến bộ của nền văn hóa Inca và cho thấy con người đã nghiên cứu thiên văn học từ hàng nghìn năm trước.
Khu vực thứ hai là khu vực dân cư và đền thờ xưa kia. Tuy nhiên khu vực này đang bị xuống cấp nghiêm trọng do tác động của thiên nhiên và con người. Những biểu tượng, hình khắc trên phiến đá ngày càng mờ đi do mưa và khách du lịch đi lại nhiều. Vì nguy cơ ảnh hưởng ngày một tăng, chính quyền Bolivia cũng như Samaipata đã cho phong tỏa và cấm khách du lịch đi lại trong khu vực di sản.
Tổ chức Khoa học, Giáo dục và Văn hóa của Liên hiệp quốc (UNESCO) đã công nhận Di chỉ khảo cổ Fuerte de Samaipata là Di sản văn hóa thế giới vào năm 1998.