Cụ thể, 3 bị can bị đề nghị truy tố về tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ” gồm: Diệp Dũng, Tôn Thất Hào (nguyên Giám đốc Công ty Đại Á), Võ Thành Trung (nguyên Tổng giám đốc Công ty Đô Thị Mới). 6 bị can bị đề nghị truy tố về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, gồm: Hồ Mỹ Hòa - Giám đốc tài chính, thành viên Hội đồng quản trị Saigon Co.op; Nguyễn Thành Nhân - nguyên Tổng giám đốc, thành viên Hội đồng quản trị Saigon Co.op; Trần Trung Liệt - nguyên Kế toán trưởng Saigon Co.op; Hàng Thanh Dân - nguyên Trưởng ban Kiểm soát Saigon Co.op; Phạm Thị Minh Ngọc - Phó Ban Kiểm soát Saigon Co.op; Nguyễn Thị Thùy Trang - Ủy viên ban Kiểm soát Saigon Co.op nhiệm kỳ 2014 - 2019, Trưởng ban Kiểm soát Saigon Co.op (từ tháng 7/2019 đến nay).
Theo Cơ quan điều tra, quá trình hoạt động của Saigon Co.op từ 1999 - 1/2020 có 9 lần tăng vốn điều lệ. Trong đó, việc tăng vốn điều lệ lần thứ 9 từ 3.200 tỉ đồng lên 6.797 tỉ đồng (tăng thêm 3.597 tỉ đồng, chiếm khoảng 53%), với sự chỉ đạo trực tiếp của bị can Diệp Dũng. Cụ thể, ngày 19/8/2016, bị can Diệp Dũng không thông qua Hội đồng quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỉ đồng từ tiền huy động vốn nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam; sau đó, tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á và Công ty Đô Thị Mới với số tiền 1.000 tỉ đồng trên.
Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó bị can Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm. Việc này gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỉ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỉ đồng).
Trước đó, bị can Diệp Dũng đã bị tuyên phạt 2 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước” theo Điều 337 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung năm 2017 trong vụ án "cố ý làm lộ bí mật nhà nước, chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước" được Tòa án nhân dân TP.HCM xét xử vào ngày 28/4.
Theo nội dung vụ án, ngày 15/12/2020, Công an TP.HCM đã khởi tố điều tra ông Diệp Dũng. Quá trình điều tra, bị cáo Nguyễn Hoài Bắc (nguyên cán bộ Công an) trao đổi những nội dung này qua tin nhắn với một người khác, mục đích để xác minh, thu thập thông tin làm rõ bản chất vụ án.
Tuy nhiên, bị cáo Lê Thị Phương Hồng (sống như vợ chồng với Bắc) biết được nội dung nhắn tin, trao đổi của bị cáo Bắc và đã cung cấp cho bị cáo Diệp Dũng một số thông tin có trong báo cáo tiến độ giải quyết và kết quả quá trình xác minh vụ việc sai phạm tại Saigon Co.op, là những thông tin thuộc chế độ “mật” theo quy định pháp luật. Tòa đã tuyên phạt Nguyễn Hoài Bắc 5 năm tù và Lê Thị Phương Hồng 6 năm tù vì “Cố ý làm lộ bí mật nhà nước".
