Hoa Kỳ đã cáo buộc UNESCO đã có những chính sách mà Hòa Kỳ cho rằng "chống lại Israel" trong vấn đề UNESCO công nhận Palestine. Hòa Kỳ và Israel chỉ nằm trong thiểu số nhỏ, gồm 14 thành viên trong số 194 thành viên UNESCO đã bỏ phiếu chống lại nghị quyết công nhân Palesstin. Theo Hòa Kỳ, đây là một trong những nguyên nhân khiến Washington rút lui khỏi tổ chức này. Cùng với Hòa Kỳ, Israel cũng tuyên bố một quyết định tương tự Hòa Kỳ.
Năm 2002 Tổng thống George W. Bush đã tuyên bố Hoa Kỳ trở lại UNESCO, nhưng các mối quan hệ lại bị giữa Hoa Kỳ và đồng minh thân cận của Hoa Kỳ với UNESCO trở nên rất căng thẳng vào năm 2011 khi khi các quốc gia thành viên UNESCO bỏ phiếu thông qua việc Palestine trở thành thành viên chính thức của tổ chức.
Với lý do này Hòa Kỳ đã ngừng đóng niên liễm cho tổ chức này. Việc ra đi lần này của Mỹ kéo theo một khoản nợ lớn không trả cho tổ chức UNESCO. Tính đến nay khoản nợ của Hoa Kỳ với UNESCO đã lên tới 500 triệu USD, tương đương với hai năm tài chính của UNESCO. Đây cũng là nguyên nhân tạo nên những khó khăn về tài chính mà phương Tây gọi là cuộc khủng hoảng bên trong UNESCO.
 Trụ sở của Tổ chức UNESCO |
Người đứng đầu UNESCO, Bà Irina Bokova, gọi việc Hoa Kỳ rút khỏi tổ chức UNESCO vào thời điểm này là "tổn thất lớn cho tổ chức UNESCO và cho các quan hệ đa phương", còn Tổng thư ký LHQ Antonio Guterres cũng bày tỏ về mối quan ngại của Liên Hợp quốc về vấn đề này.
Trước đó, dưới thời cựu Tổng thống Hoa Kỳ Ronald Reagan, Hoa Kỳ cũng đã tuyên bố rút khỏi UNESCO vào năm 1984 với cáo buộc UNESCO trong việc quản lý tài chính và những tuyên bố mang tính chất ‘chống lại Hòa Kỳ’ trong một số chính sách của UNESCO.
Năm 1984 Hoa Kỳ đã bị cô lập nặng nề trong lĩnh vực truyền thông khi UNESCO, sau đó là Liên Hợp Quốc đã thông qua một nghị quyết hết sức quan trọng về “Một trật tự thông tin thế giới mới” gây bất lợi cho Hoa Kỳ. Sự kiện này đã kéo theo những tổn thất nặng nề cho UNESCO trong nhiều năm, nhưng thực tế cho thấy UNESCO vẫn đứng vững và vẫn giữ vai trò là một diễn đàn đa phương có uy tín trên lĩnh vực trí tuệ - văn hóa và giữ vững ngọn cờ hòa bình của nhân loại.
